تدريس دروس عالى و خارج را شروع بفرمايند ، و ليكن ايشان به جهت عدم موافقت استخاره و موانعى كه داشتند قبول ننموده و دوباره به شهر علم و اجتهاد نجف اشرف بازگشتند . البته ايشان در سفرى ديگر در سال 1373 هجرى قمرى باز هم به ايران و قم مهاجرت نمودند ، و باز هم هرچقدر اصرار از علماء ازجمله مرحوم آيت الله العظمى حاج آقا حسين طباطبايى بروجردى ؛ مبنى بر ماندن قم جهت تدريس داشتند ، امّا ايشان نپذيرفته و پس از يك ماه اقامت در قم از دوباره به نجف بازگشتند . صاحب كتاب « آثار الحج - ة » پيرامون سفرهاى ايشان به ايران و شهر مقدس قم مىنويسد : ( آيت الله حاج شيخ على محمّد بروجردى ؛ اين رجل علمى كه مجسمه اخلاق و فضيلت و از اساطين فضل و دانش نجف اشرف مىباشد در اين سنوات اخيره دو سه مرتبه به قم آمده و عموم اهل علم قم و خصوص فضلاى حوزه علميه قم را از ملكات فاضله اخلاقى خود برخوردار نمودند ، يكى در سال 1368 هق و ديگرى در سال 1373 ه ق كه متجاوز از يك ماه توقف نمودند و هرچند از طرف آيت الله بروجردى ؛ و ديگزان از فضلاء و محصلين پيشنهاد در توقف در قم و تشكيل حوزه درس به آن جناب شده ، نپذيرفتند و به جهت عدم موافقت استخاره و موانعى كه داشتند حركت به نجف اشرف را بر توقف و اقامت قم اختيار و حوزه علميه و علاقه‌مندان خود را محروم گذارند . ) « 1 » اداره و تدريس در حوزه سامراء مرحوم آيت الله العظمى حاج شيخ على محمّد بروجردى ؛ پس از بازگشت به نجف اشرف بنا بر دستور مرحوم آيت الله العظمى سيد ابوالحسن اصفهانى ؛ به مدّت دو سال براى اداره و تدريس دروس عالى و خارج وارد سامراء شدند . فرزند ايشان جناب حجت الاسلام و المسلمين حاج شيخ مجتبى نجفى بروجردى « دام عزه » در اين موضوع مىنويسد : ( در زمان مرجعيت علامه آيت الله اصفهانى ؛ طلاب حوزه سامرا مدرس لايقى را از مرحوم اصفهانى ؛ درخواست كرده بودند ، چون در آن زمان حوزه خوبى در سامراء داير بود .

--> ( 1 ) - آثار الحج - ة ، شريف رازى ؛ ، شيخ محمّد ، نشر مؤسسه دارالكتب ، چاپ سوم ، ج 2 ، ص 31 .