پدرش به علم تفسير علاقه مند بود و در آن علم يد طولايى داشت . سيد على آقا خود تصريح مىكند كه مقدارى تفسير را خدمت پدر خوانده است . مرحوم قاضى در سال 1308 ق در سن 26 سالگى به نجف اشرف و محضر شاه ولايت على عليه السلام مشرف شد و تا آخر عمر ، سايه نشين آن شجره‌ى طوبى بود و آن جا را موطن اصلى خويش قرار داده بود . آيت الله سيد على آقا قاضى از زمانى كه وارد نجف اشرف شد ، جز يك بار از آن جا خارج نشد ، آن هم آن گاه كه به اذن سلطان ولايت ، على مرتضى عليه السلام براى زيارت حضرت امام رضا عليه السلام حدود سال 1330 ق به ايران سفر كرد . پس از آن ، به تهران بازگشت و مدت كوتاهى در شهررى در جوار شاه عبدالعظيم اقامت گزيد . زمانى كه قاضى به شهر نجف مى رسد به حرم علوى مشرف شده و از آن حضرت براى رشد وشكوفايى كمك ميخواهد تا راهى را كه رضايت خداوند در آن است ، به وى نشان دهد وهميشه در تمام مراحل زندگى همراهيش نمايد . اين درخواست قاضى مورد قبول امير المومنين ( ع ) واقع شده و آن حضرت ، راه سعادت وخوشبختى را به وى نشان مىدهد ، به گونه اى كه از اساتيد بزرگوارى استفاده نموده و صاحب كرامات وفضايل عرفانى مىشود . قاضى در مورد استاد وتاثير آن در تعالى ورشد شاگرد مى گويد : « اگر كسى كه طالب راه وسلوك طريق خدا باشد براى پيدا كردن استاد اين راه ، نصف عمر خود را در تفحص وجستجو بگذراند تا آن استاد را پيدا كند ، ارزش دارد و كسى كه به استاد كامل رسيد نصف راه را طى كرده است . » اساتيد قاضى ايشان در مسير كمال درنجف اشرف ، خوشه چين خرمن دانش بزرگان و اساتيد مبرز وزبده اى شدند . از جمله : محمد كاظم خراسانى نويسنده كفايه الاصول ، ميرزا فتح الله شريعت اصفهانى ، ميرزا حسين تهرانى ، شيخ محمد حسن ممقانى ، سيد محمد كاظم يزدى صاحب كتاب فقهى عروه الوثقى ، فاضل شربيانى و در اخلاق و عرفان از شاگردان سيد احمد كربلايى محسوب مىشود . همچنين در ياد نامه عالم ربانى علامه سيد محمد حيسن طباطبايى آمده است : « او علاوه بر اساتيد مذكور از محضر شيخ محمد بهارى از شاگردان ملا حسينقلى همدانى ( متوفى 1325 ه . ق ) در بهار همدان نيز استفاده كرده است او در فقه واصول ، حديث و تفسير متخصص و ماهر شد و از رجال اخلاق و عرفان به شمار مى آمد ، در بين اهل علم به اين ويژگى معروف بود ، در اين مورد تدريس داشت و ملا زمان و مريدانى داشت »