به « شاه » شكايت برد و شاه او را چوب زد و داغ كرد و از شغل نظارت انداخت و تمام اموال او را گرفت . در يكى از مراسلاتى كه « حاج ميرزا آقاسى » در همين هنگام كه « حاج عليخان » مغضوب و اموالش مورد مصادره قرار گرفته بود به محمد شاه نوشته ، اين عبارت در آن ديده مىشود : « در باب « عليخان » ناظر عرض مىشود كه پدرش به جهت خلاف با بنده رفت و در « مراغه » وفات يافت و خودش به واسطهء خيانت به مال پادشاه دين پناه گرفتار آمد ، زيادتر نترسانند كه او هم تلف شود همهء مال‌ها از بين مىرود به آرام و استادى مال‌ها را از او بخواهند ، و چندى بعد براى اين كه مبادا كشته شود با شتاب هرچه تمام‌تر از « نياوران » فرار كرده ، خود را به « قم » رساند و در اطراف حرم « حضرت معصومه عليها السلام » بست نشست . فرار « حاج علىخان » از « تهران » و بست نشستن در « قم » بيشتر براى اين بوده كه با « مهدعليا » زن « محمد شاه » و « مادر ناصرالدين‌شاه » ارتباط بسيار نزديك داشته و « محمدشاه » از اين قضيه كاملًا مسبوق و مستحضر مىشود و براى خاطر اين موضوع قصد كشتن او را داشته است و برخى هم اين ارتباط را به « مادر محمدشاه » نسبت مىدهند . محمد حسن خان اعتماد السلطنه پسرش در يادداشت‌هاى روزانهء خطى خود ، در اين باب چنين گويد : « قبل از نهار صحبت « محراب خان » خواجه « انيس الدوله » شد ، خيلى مسن است ، من عرض كردم اين خواجه سياه هر وقت مرا مىبيند منت زيادى به من مىگذارد كه پدرت را « شاه » مرحوم يعنى « محمد شاه » ؛ مىخواست بكشد در « جاجرود » . من از طرف « حاج‌ميرزا آقاسى » صدر اعظم ، كه در آن سفر ملتزم ركاب نبود و در « نجف‌آباد » قريهء خود بود ، دو ساعته با چاپارى « جاجرود » آمدم شاه را مانع شدم كه پدرت را نكشد » . در سال 1261 ق . هم باز « محمد شاه » قصد كشتن او را مىنمايد . « حاج‌على خان » كه از قضيه آگاه مىگردد ، از « نياوران » با شتاب هر چه تمام‌تر فرار كرده ، خود را به « قم » مىرساند و در اطراف حرم حضرت معصومه بست مىنشيند ، لكن پس از چندى « صدرالممالك اردبيلى » ، حاكم « قم » ، بر حسب امر « شاه » با نيرنگ‌هايى او را از بست بيرون آورده ، مغلولًا به « تهران » مىفرستد و بعد از مدتى زندانى ، دوباره به وسيلهء ايادى كه داشته و تشبثاتى كه به كار مىبرده ، از زندان آزاد مىگردد لكن او را به خارج از مملكت ( بين النهرين ) تبعيد مىكنند .