طرّاحى اين گنبدها به گونه‌اى انجام گرفته است كه با طرّاحى ديگر بخش‌هاى توسعهء جديد و ساختمان قديم همنواخت باشد ؛ از اين‌رو ، گنبدهايى هماهنگ با گنبد سبز مسجد و البته كوتاهتر از آن ، طرّاحى شده است . قطر انحناى هر گنبد 02 / 8 متر است و در طرّاحى آن از نرم‌افزار كامپيوترى سه‌بعدى آوتوكد ( AutoCAD ) كه با معادلات پيچيدهء رياضى ، عناصر و ابعاد داخلى و خارجى بنا را تعيين مىكند ، بهره‌گيرى شده است . استفاده از اين برنامه ، در اجرا ، موجب پديد آمدن سازه‌هايى كاملًا سنجيده شده است . هر گنبد از داخل و خارج پوششى آراسته دارد و در عين استحكام از وزنى اندك برخوردار است . پوشش درونى گنبد چوب آميخته به نوعى چسب است و نماى بيرون آن از چوب خالص . بر فراز هر گنبد ، هلالى برنزى مىدرخشد كه با طلاى 23 قيراط روكش شده است . ريل‌هايى كه گنبدها به صورت كشويى روى آنها حركت مىكنند ، لبه‌هايى از سنگ مصنوعى محلّى دارد تا با نماى ايوان‌هاى پيرامون مسجد هماهنگ باشد . پوشش مناره‌ها مناره از آغاز يكى از نشانه‌هاى اصلى هر مسجد بوده ، و به سان عنصرى بنيادين در مسجدسازى به شمار مىرفته است . در توسعهء جديد مسجد نبوى نيز ، با بهره‌گيرى از اين عنصر ، شش منارهء جديد به بلنداى 104 متر برپا شده و چونان نمادى زيبا براى مسجد درآمده است . بخش‌هاى پايينى هر مناره ، تا ارتفاع سه متر ، با قطعاتى از گرانيت محلّى نماى يكى از صحنهاى 27 گانه داخلى كه با گنبدهاى متحرّك پوشيده شده است .