پس از جايگير شدن در بعلبك ، در سايهء آوازهء علمى خود مرجعيت يافت و دانشمندان از دور دست‌ترين جاىها براى استفاضهء علمى نزد وى مىآمدند . وى در اين شهر ، تدريس جامع ( تدريس پنج‌گانهء جعفرى ، حنفى ، شافعى ، مالكى ، حنبلى ) را آغاز كرد و در حقيقت فقه مقارن و عقايد تطبيقى را درس داد . صاحب روضات الجنات آورده : « تاكنون در جمع دانشمندان بزرگ و برجستهء شيعه كسى را به ياد ندارم كه از لحاظ شكوه شخصيت ، سعهء صدر ، خوش‌فهمى ، حسن سليقه ، داشتن نظم و برنامهء تحصيلى ، كثرت اساتيد ، ظرافت طبع ، معنويت سخن و پختگى ، به پاى شهيد ثانى برسد . . . وى در ردهء پس از معصومان عليهم السلام قرار دارد » . شهيد ثانى در رؤيايى صادقه ، شهادت خود را چنين ديده كه : « در عالم رؤيا سيد مرتضى علم الهدى را ديدم كه مجلس ضيافتى تشكيل داده و علماى اماميه و شيعه در آن شركت داشتند . وقتى وارد مجلس شدم ، سيد مرتضى از جا برخاست و به من تهنيت گفت و دستور داد در كنار استاد شهيد اول بنشينم » . شهيد ثانى به فتواى قاضى صيدا مبنى بر رافضى و شيعى بودن ، به دستور حاكم تركان عثمانى سلطان سليم تحت پيگرد قرار گرفت تا وى را زنده به دربار بياورند اما وزير وى رستم پاشا كه مأمور دستگير كردن شهيد ثانى بود ، وى را در قسطنطنيه به شهادت رساند كه البته به همت سيد عبدالرحيم عباسى ، رستم پاشا قصاص شد و به هلاكت رسيد و خون شهيد ثانى هدر نشد . پيكر شريف وى را پس از سه روز به دريا افكندند . تأليفات وى بىشمار است ؛ طورى كه در امل الامل آمده كه از شهيد ثانى دو هزار مجلد كتاب به جاى است كه دويست عدد آن به دستخط خود شهيد ثانى بوده است . تأليفات وى : 1 - منية المريد فى ادب المفيد و المستفيد 2 - روض الجنان فى شرح ارشاد الاذهان 3 - حقائق الايمان 4 - البدايه فى علم الدرايه