وفات شيخ صدوق سرانجام اين عالم بزرگوار ، پس از گذشت هفتاد و چند سال از عمر شريف و پر بركتش در سال 381 ه . ق دعوت حق را لبيك گفت و در شهر رى ديده از جهان فرو بست . پيكر پاكش در ميان غم و اندوه شيعيان در نزديكى مرقد مطهّر حضرت عبد العظيم الحسنى مدفون گرديد . آرامگاهش در اين ايام به نام ابن بابويه در شهر رى مشهور و قبر منوّرش ، زيارتگاه دوست‌داران آل رسول صلّى اللَّه عليه و آله و سلّم و محلّ استجابت دعاى مؤمنان است . ناگفته نماند اكثر تذكره نويسان ، قضيه‌اى راجع به سالم ماندن پيكر شريف صدوق ، پس از گذشت نهصد سال از وفات وى نقل كرده‌اند كه ما نيز خلاصهء آن را در اينجا ذكر مىكنيم . علّامهء خوانسارى متوفاى 1313 ه . ق در كتاب ارزشمند « روضات الجنّات » مىنويسد : « از كرامات صدوق كه در اين اواخر به وقوع پيوسته و عدّهء كثيرى از اهالى شهر آن را مشاهده كرده‌اند ، آن است كه در عهد فتحعلى شاه قاجار ، در حدود 1238 ه . ق ، مرقد شريف صدوق كه در اراضى رى قرار دارد ، از كثرت باران خراب شد و رخنه‌اى در آن پديد آمد . به جهت تعمير و اصلاح آن ، اطرافش را مىكندند ، پس به سردابه‌اى كه مدفنش بود برخوردند . هنگامى كه وارد سرداب شدند ، ديدند كه جثّهء او همچنان تر و تازه با بدن عريان و مستور العورة و در انگشتانش اثر خضاب و در كنارش تارهاى پوسيدهء