كما يقول الرضا عليه السلام وبعد أن استوعب يونس من علم الأئمة الكثير، بدأ ينشره، إذ زكاة العلم نشره.. فمن كتبه: ا. كتاب الأدب والدلالة على الخير. 2. كتاب الإمامة. 3. كتاب فضل القران. 4. كتاب اللؤلؤ في الزهد. 5. كتاب يوم وليلة.. 6. كتاب الرد على الغلاة. 7. كتاب الشرائع. 8. كتاب جوامع الآثار. 9. كتاب السهو. 10. كتاب الزكاة. 11. كتاب الصلاة. 12. كتاب العلل الكبير. 13. كتاب اختلاف الحج. 14. كتاب المثالب. 15. كتاب علل النكاح.