وى پس از يك بيمارى طولانى در 13 ذى الحجه 1389 ق . در نجف درگذشت و بر طبق وصيت‌اش ، در كتابخانه خود كه آن را براى استفاده علما و طلاب وقف كرده بود ، به خاك سپرده شد . بعضى از آثار او از اين قرار است : 1 - الذريعه الى تصانيف الشيعه ، شامل 26 جلد ، كه جزء نهم آن در 4 مجلد است . 2 - طبقات اعلام الشيعه ، 3 - مصفى المقال فى منتقى علم الرجال . 4 - المشيخه . 5 - هدية الرازى الى المجد و الشيرازى . 6 - النقد الطيف فى نفى التحريف عن القرآن الشريف . « 1 » 2 - آيت الله سيد مرتضى كشميرى سيد العلماء آيت الله اقا سيد مرتضى رضوى كشميرى عالمى فقيه ، پارسائى متقى و زاهدى عابد عصر خويش بودند . صاحب گنجينه دانشمندان در شرح حال آن بزرگوار مىنويسد : « به يك واسطه از مرحوم آيت‌الله‌حاج‌آقا حسين قمى شنيدم كه مىفرمود من منكر بودم كه آدم خوب در زمان ما پيدا شود موقعى كه حاج شيخ ابوالقاسم كبير را در قم و حاج سيد مرتضى كشميرى را در كربلا ملاقات كردم يقين كردم در اين زمان هم آدم خوب يافت مىشود . » « 2 » آن بزرگوار داراى اطلاعات فراوانى در علم حديث و اخلاق بوده و حافظه قوى داشته و از اهل فضل به شمار مىرفت . داراى اجازات عديده از بزرگان علم و حديث و فقهاء و نسابين مانند : علامه شيخ نوح قرشى جعفرى و علامه شيخ محمدحسين كاظمى و نسابه بزرگوار علامه سيد محمود مرعشى پدر آيت الله سيدشهاب‌الدين مرعشى نجفى بوده است . تا آخر عمرش در رواق شريف حسينى اقامه جماعت مىنمودند و مردم كربلا و نجف مخصوصاً اهل علم علاقه خاصى به اقتداء و نماز خواندن با وى را داشتند . در سال 1350 ق . برحمت ايزدى پيوسته است .

--> ( 1 ) - - مرحوم‌آقابزرگ خود در رابطه با معاشرت مرحوم قاضى نوشته است : « قاضى علم مجتهد متقى پرهيزكار داراى ملكات اخلاقى است دهها سال با هم معاصرت داشتيم من او را مردى يافتم كه داراى روش مستقيم ، و اخلاق كريمه است و ذاتاً يك فرد شريف مىباشد . » اعلام البريه ، قرن چهاردهم ، جلد 2 ، ص 584 . ( 2 ) - گنجينه دانشمندان ، جلد 7 ، ص 383 . .