الإمام الخوئي ومعاناته وبعد وفاة المرجع الأعلى الإمام الحكيم قدّس سرّه تسنم السيد الخوئي قدّس سرّه منصب المرجعية العليا في النجف الأشرف وبدأت معاناته بسبب رموز النظام البائد لأن النظام قد قام بانتهاك الحوزة العلمية بذرايع مختلفة وتهم متنوعة منذ ولادته يوميا وقد وصلت أدواته القمعية وانتهاكاته للحوزة العلمية ذروتها في حين جعل النظام الإمام الحكيم قدّس سرّه تحت رقابة مشددة في بيته ومنع الناس عن الوصول إليه ، نعم قد زاره الإمام الخوئي قدّس سرّه في الأسبوع مرة واحدة ، وبعد وفاته زاد النظام في أدواته القمعية وانتهاكاته للحوزة العلمية ومضايقته للسيد الخوئي قدّس سرّه وقد وصلت هذه الضغوط والانتهاكات والمضايقات للحوزة بالقتل والتشريد ذروتها أيام الحرب ولهذا لم يبق منها إلا أصولها ورموزها المعنوية وكان هدفهم المشؤم من كل ذلك هدم الحوزة نهائيا ولكنهم لم يصلوا إلى هذا الهدف المشؤم لسببين : السبب الأول : بعنايته تعالى وتقدس وفضله الكريم وببركة صاحب هذا المكان المقدس وبرعاية إمام العصر عجل الله تعالى فرجه الشريف . السبب الثاني : بالصبر والتحمل من السيد الأستاذ قدّس سرّه فإنه تحمل ما تحمل من المضايقات من قبل النظام بطرق مختلفة وأسباب قمعية