من بعض أعوانه - أن اسم سماحته ضمن المطلوبين للنظام ، مما اضطره أن يغادر بيته مع أبنائه للاختفاء في إحدى البيوت المهجورة لفترة حيث لم يكن يعلم بمكان الأختفاء سوى العلوية حليلته التي كانت تتردّد خفية ومن دون أن ينتبه أزلام النظام وعيونه المنتشرة في كل مكان ، واستمر اختفاء سماحة السيد الحكيم وأبنائه إلى ما بعد صدور احكام الاعدام والسجن المؤبد الجائرة في حق مجموعة من المعتقلين والمشاة إلى زيارة الإمام الحسين‌عليه السلام‌والى ما بعد غلق ملف القضية من جانب السلطة . وبعد استيلاء الدكتاتور المتوحش صدام التكريتي على السلطة وازاحته لسلفه احمد حسن البكر في 17 / تموز / 1979 م بايعاز من قوى الكفر العالمي وأذنابهم ليؤدي ما عجز عنه سلفه من أدوار ومهمّات اجرامية بشعة ، اشتدت الضغوط وقساوة النظام على العراقيين ، خاصة الحوزة العلمية في النجف الأشرف بعلمائها وفضلائها ، وقد آثر سماحته البقاء في الحوزة العلمية وعدم مغادرة العراق متحمّلًا تلك الضغوط والمخاطر في سبيل المساهمة في الابقاء على هذا الكيان العلمي