انتقادهاى ايشان در مقايسه با ديگر مراجع سبب شد تا دولت با او برخورد تُندترى كند . در ارديبهشت‌ماه 1357 پس از اطلاعيه شديداللحن وى درباره اعتراض به اعمال وحشيانه رژيم ستم‌شاهى و اعلام روز نوزدهم ارديبهشت به‌عنوان روز عزاى عمومى ، ساواك به منزل وى حمله كرد و از 26 ارديبهشت تا شهريورماه او را در خانه‌اش تحت نظر قرار داد . اما در سه‌شنبه هفتم اين ماه ، 25 رمضان ، مردم به خانه وى رفته ، حصار شكستند . با اين حال ، پس از عيد فطر كه وى نماز آن عيد را بسيار باشُكوه در قم ( محل فعلى زمين ورزشى حيدريان ) برگزار كرد ، مجدداً با يورش نظاميان شاه ، ايشان را دستگير كردند تا دىماه به طول انجاميد . شرح ماوقع حمله اول به منزل ايشان در اطلاعيه جمعى از فضلاى حوزه علميه قم با تاريخ 8 / 4 / 1357 آمده است . « 1 » رخداد حصر و دستگيرى ايشان در سال 57 از جمله اخبار سياسى داغ روزهاى آن سال به‌حساب مىآمد . در 16 / 4 / 57 آيت‌الله صدوقى ضمن نامه مفصلى به جمشيد آموزگار درباره مسائل مختلف به وى اعتراض كرد و از جمله مشكلات را اين نوشت كه دولت حضرت آيت‌الله حاج سيدمحمد صادق روحانى از مراجع قم را از پس از حوادث اخير در خانه خود تحت بازداشت قرار داده ، حتى تلفن منزل ايشان را قطع كرده و رفت و آمد اقوام و نزديكانش را نيز ممنوع كرده است . « 2 » همين محدوديت سبب شد تا وى نتواند در باره رخدادهاى آن سال ، اعلاميه‌اى صادر كند . آخرين اطلاعيه وى در ارديبهشت سال 57 در ارتباط با اعلام عزاى عمومى است و پس از برداشته شدن محدويت از منزل وى نخستين اطلاعيه در اول بهمن 57 درباره غيرقانونى بودن دولت بختيار است . « 3 »

--> ( 1 ) . اسناد انقلاب اسلامى ، ج 4 ، ص 517 ( 2 ) . اسناد انقلاب اسلامى ، ج 2 ، ص 295 ( 3 ) . دست كم در اين فاصله اطلاعيه‌اى از ايشان در مجلد پنجم اسناد انقلاب اسلامى چاپ نشده كه ظاهرا دليل آن همان است كه در متن گفته‌ايم .