إشراف علماء متخصّصين في شتّى فروع الفكر الإسلامي من تلامذته وغيرهم ، وقد وُفّقت اللجنة في عرض هذا التراث بمستوى رفيع من الاتقان والأمانة العلميّة ، ولخّصت منهجيّة عملها بالخطوات التالية : 1 - مقابلة النسخ والطبعات المختلفة . 2 - تصحيح الأخطاء السارية من الطبعات الأولى أو المستجدة في الطبعات اللاحقة ، ومعالجة موارد السقط والتصرّف . 3 - تقطيع النصوص وتقويمها دون أدنى تغيير في الأسلوب والمحتوى ، أمّا الموارد النادرة التي تستدعي إضافة كلمة أو أكثر لاستقامة المعنى فيوضع المضاف بين معقوفتين . 4 - تنظيم العناوين السابقة ، وإضافة عناوين أخرى بين معقوفتين . 5 - استخراج المصادر التي استند إليها السيّد الشهيد بتسجيل أقربها إلى مرامه وأكثرها مطابقة مع النصّ ؛ ذلك لأنّ المؤلّف يستخدم النقل بالمعنى - في عددٍ من كتبه وآثاره - معتمداً على ما اختزنته ذاكرته من معلومات أو على نوع من التلفيق بين مطالب عديدة في مواضع متفرّقة من المصدر المنقول عنه ، وربما يكون بعض المصادر مترجماً وله عدة ترجمات ؛ ولهذا تُعدّ هذه المرحلة من أشقّ المراحل . 6 - إضافة بعض الملاحظات في الهامش للتنبيه على اختلاف النسخ أو تصحيح النصّ أو غير ذلك ، وتُختم هوامش السيّد الشهيد بعبارة : ( المؤلف قدس سره ) تمييزاً لها عن هوامش التحقيق . وكقاعدة عامّة - لها استثناءات في بعض المؤلّفات - يُحاول الابتعاد عن وضع الهوامش التي تتولّى عرض مطالب إضافيّة أو شرح وبيان فكرةٍ مّا أو تقييمها ودعمها بالأدلّة أو نقدها وردّها . 7 - تزويد كلّ كتاب بفهرس موضوعاته ، وإلحاق بعض المؤلفات بثبت خاص لفهرس المصادر الواردة فيها .