اهل حكمت به كلى طبيعي تعبير كرده‌اند اين بحث را شيخ مشائيه اسلام « أعلى اللّه مقامه » در شفا مفصل عنوان نموده است . ملا صدرا در اين كتاب اعتبارات ماهيت را ذكر كرده و فرق بين جنس و فصل و نوع و مباحث مربوط باعتبارات ماهيت را بطور تلخيص تحقيق نموده است و مطلبى را در اين‌جا تحقيق كرده است كه در كتب مشّاء و اشراق نيست و آنگاه فرق بين كلى و جزئي را بوجود سعى و وجود مقيّد ارجاع داده است و تحقيق نموده كه در مقام درك كليات عقل وجود كلى سعى عقلي را در أوائل ادراك « كرؤية شئ من مكان بعيد أو هواء مغبّر » مشاهده مىكند و آن را قابل حمل بر متكثّرات و مردّد و محتمل بين أمور كثيره مىبيند . لأن نفس الماهيّة ليست بكليّة و جزئية لأن الصدق على الكثيرين خارج عن نفس الماهية فلا بدّ ان يتحد الماهيّة مع وجود سعى مطلق لأن يصدق على المتكثّرات فيجب ارجاع جميع هذه الأحكام إلى الوجود . در همين مبحث ملاك تشخص و جزئيت را از ناحيهء وجود دانسته و ساير أقوال را نيز ذكر كرده ، برخى از أقوال را توجيه نموده و برخى را مردود دانسته است و در ضمن شواهدى بر اصالت وجود بيان مينمايد و بطور اختصار علائم و امارات تشخص را نيز بيان كرده است . بمناسباتى متعرض اين مسأله : با اينكه اجزاء فلك در ماهيت متساوى هستند تعيين موضعى از فلك از براي منطقه و تعيين موضع مخصوصى از براي قطبين و همچنين اختصاص حركت فلك بجهة معينه غيراز ساير جهات مفروضه با آنكه جميع جهات جسم فلكى از براي توجيه حركت به آن جهت بحسب استحقاق متساوى است ترجيح بلا مرجّح است .