فتنه‌هاى متعدد پىدرپى در شهر قزوين شيخ احمد احسائى را در مناظره محكوم نمود يكى از علل مخالفت اتباع احسائى با ملا صدرا همين قضيه مىباشد . شيخ احمد شروح و تعليقاتى بر برخى از آثار ملا صدرا بعنوان رد و مناقشه و انتقاد نوشته است و مبانى أو را به خيال خود رد نموده است . حقير بدقت آثار أو را چندين بار مكرر بدقت مطالعه كرده است و بجرأت مدعى است كه شيخ احمد براي نمونه يك قاعده از قواعد فلسفه و عرفان را درك ننموده است و من حيث لا يشعر در جميع مبانى فلسفي قلم فرسائى نموده است . نعوذ باللّه من الغواية و استعيذ به من متابعة النفس و الهوى ( 1 ) . آخوند ملا اسمعيل درب كوشكى نيز در مجلس مناظره‌يى كه در اصفهان تشكيل شد با شيخ احمد مباحثهء طولانى نمود و شيخ احمد را در جدل علمى منكوب نمود روى همين مناظرهء مفصل و مجاب شدن احسائى حاج ملا هادي سبزوارى نوشته است « علم شيخ احمد در مقابل علم علماى اصفهان نمودى نكرد ولى در زهد بىنظير بود » و گرنه احسائى در علوم نقلى از اكابر عصر خود بود و آثارى از أو در نقليات در دست است كه حاكى از تسلط و تبحر أو مىباشد ولى در علم فلسفه بسيار راجل و كم‌مايه و ناوارد بوده است . مطالب مضحك و بىاساس كه مبتنى بر هيچ اصلى نيست در آثار أو فراوان است . بعد از بحث و جدل علمى ملا آقا با شيخ در محضر ملا محمد تقى برغانى و مجاب شدن شيخ ، برغانى شيخ را تكفير نمود و چون ملا محمد تقى در علميت و صلاح و سداد مورد تصديق فقهاى عصر خود بود در اين حكم علماى عراق و ايران از ملا محمد تقى تبعيت نمودند ، شيخ احمد ناچار به وطن خود احساء و قطيف به قصد زيارت