بهبودى كه عازم نجف بودند رژيم بعث براى آن كه زعامت و مرجعيت آيهء الله العظمى حكيم را تضعيف نموده و . تحت الشعاع قرار دهد به تمام قبايل و عشاير ساكن در طول مسير بغداد ، نجف دستور داده بود تا با برپايى جشن و سرور از موكب آيه الله فقيد استقبال نمايند آيه الله . . . العظمى خوئى اين معنى را فهميده و در صدد خنثى كردن نقشهء رژيم برمىآمد ، لذا با اين كه قرار بود شب جمعه از بغداد راهى نجف شوند ، سحرگاه سه شنبه پيش از اذان صبح حركت كرده و هنگام اذان صبح به نجف رسيدند مردم و طلاب نجف كه ايشان را در حرم ديدند ، بهت‌زده از خود مىپرسيدند : چرا آقا بدون اطلاع و بدون استقبال به نجف آمده‌اند . آيهء الله فقيد پس از اداى نماز صبح و صرف صبحانه به سوى كوفه حركت كرده و هنگام طلوع آفتاب بود كه در منزل آيت الله حكيم را دق الباب كرد و اين در حالى بود كه مأموران از ورود اشخاص به منزل ايشان جلوگيرى مىكردند و فرزند آيت الله حكيم در را گشود و با كمال ناباورى ايشان را در مقابل خود ديد و در پى آن وارد منزل شده و حدود دو ساعت با مرحوم آيت الله حكيم به گفتگو پرداختند . شهيد آيت الله زادهء حكيم مىگفت : از آغاز تا پايان اين ملاقات لحظه‌اى لبخند از صورت پدرم محو نشد و هيچ روزى پدرم را به اين خوشحالى نديده بودم . از عجائب اين كه ايشان و مرحوم . آيهء الله شيرازى در دوران مرجعيت آيت الله العظمى بروجردى . ( رحمهء الله عليه ) . از باب احترام و تأدّب ، شهريهء ايشان را مىگرفتند در حالى كه خود از مدرسان بزرگ و مشهور عالم تشيع ، و بى نياز از آن بودند . اهتمام آيت الله به تهجد و تزكيه نفس ايشان از اوان تحصيل به محضر مرحوم آيت الله سيد عبدالغفار مازندرانى و آيت الله ميرزا على آقاى قاضى رسيده و در مكتب اخلاقى و عرفانى آن‌ها به تهذيب نفس پرداخته و در ميان شاگردان مرحوم آيت الله سيد على قاضى ، آيت الله العظمى خوئى