صدرالدين شيرازى يا علامه محمدحسين طباطبايى نيست كه به خاطر بياناتى در مورد مسايل عقلى و تفسير و تأويل بعضى از مطالب مبهم ، مورد اتهام و تكفير و ردّ و طرد و تفسيق قرار مىگيرد . . . بلكه در عالم بدون منطق ، هر نوع حركت علمى - فلسفى مخالف با اصول تحجّر قرون وسطايى ، چه از سوى فقيهى ابراز شود يا فيلسوف مفسر قرآن ، موجب « كفر » و « فسق » و « خروج از دين » مىگردد . استاد علامه پس از انتشار تفسير الميزان و مباحثى در زمينه‌هاى فلسفى - عرفانى مورد هجوم شديد بعضى از متحجّران ساكن در « قم » و « نجف » قرار گرفت و حتى ذهن مرحوم آيت‌اللَّه بروجردى را هم درباره ايشان « مشوب » ساختند كه در آن زمان بعضى از شاگردان مرحوم استاد علامه طباطبايى طى نامه‌اى به بعضى از مراجع عظام وقت ، در حوزه علميه قم ، از آنان خواستند كه ضمن ملاقات با آيت‌اللَّه بروجردى ، حقايق ، را روشن سازند و اجازه ندهند كه گروهى غافل از حقايق به ساحت قدسى مرد وارسته و فرهيخته و عارف و سالكى چون علامه طباطبايى ، اهانت روا دارند . متن نامه عده‌اى از تلامذه علامه طباطبايى به بعضى از مراجع قم چنين بود : بسم اللَّه الرحمن الرحيم محضر مقدس حضرت آيت‌اللَّه آقاى . . . أدام‌اللَّه تعالى ظلّه العالى محترماً معروض مىشود : چنان‌كه گويا به سمع مبارك رسيده باشد اخيراً در حوزه عمليه از طرف بعضى از افراد ، اقدامات مغرضانه و فعّاليّت‌هاى مفسدانه‌اى كه جز قصور فهم و همت ، محمل صحيحى ندارد ، عليه شخصيت حضرت علامه معظم ، مظهر علم و عمل ، مجسمه تقوا و فضليت