تدريسه بدأ تدريس بحوث الخارج عند إقامته في النجف الأشرف ، وحضر عنده جماعةٌ من الطلبة نصف دورةٍ كاملةٍ من دروس الخارج في الأُصول ، بالإضافة إلى دروس الخارج في الفقه . وقد قرّر السيّد الشهيد محمّد الصدر ( قدس سره ) من بحوثه الفقهيّة مبحث الجمعة ( اللمعة في حكم صلاة الجمعة ) ، وعليه تعليقات الأستاذ ( السيّد إسماعيل ) بخطّه الشريف ، إلى أنْ انقطع تدريسه بسبب رجوعه إلى مدينة الكاظميّة حوالي سنة 1380 ه - . ق ، حيث أصبح هناك محوراً للعلم والدين ومركزاً لزعامتها الدينيّة . وبمناسبة رجوعه إلى مدينة الكاظميّة المقدّسة أبرق له تلميذه آية الله العظمى السيّد الشهيد محمّد الصدر ( قدس سره ) هذا البيت من الشعر : الدِّينُ هُنّيَ فِيْكَ والإسْلامُ * فَلْتَفْتَخِرْ بِجِهَادِكَ الأيَّامُ وقد بدأ في مدينة الكاظميّة المقدّسة التدريس أيضاً ، فأخذ يلقي بحوثاً في تفسير القرآن ، وكان يحضر هذه البحوث ما يزيد على مائة طالبٍ من طلبة العلوم الدينيّة والجامعيّين والمثقّفين ، إضافةً إلى تدريسه لعددٍ من علماء المنطقة في الكاظميّة وبغداد علم الأُصول والفقه . وبذلك فقد ازدهرتْ الحياة العلميّة والتوجّه الديني والتبليغ الإسلامي على يده المباركة ازدهاراً كبيراً . من كراماته وسجاياه أفاد سماحة آية الله العظمى السيّد الشهيد محمّد باقر الصدر ( قدس سره ) ما يلي : كان [ أي : السيّد إسماعيل الصدر ] آيةُ في الذكاء والفطنة وحضور