سديداً في نقدها ومحاكمتها ، فشرع تأليف « كتاب الطهارة » من أوّل مباحث الدماء الثلاثة في عام 1373 ق ، ثمّ سار قدس سره على نفس هذا المنهج في مباحث التيمّم والنجاسات وأحكامها إلى أن فرغ منه سنة 1377 ق بمدينة « قم » المقدّسة . هذا ، وقد قرّر جمع من فضلاء بحثه من أوّل تدريس « كتاب الطهارة » وبعض التقريرات موجودة في مكتبة مؤسّسة تنظيم ونشر آثار الإمام الخميني قدس سره وقد طبع الجزء الأوّل المشتمل على مباحث المياه وبعض الوضوء بقلم آية اللَّه العظمى الفاضل اللنكراني رحمه الله سابقاً ، وأمّا الجزء الثاني إلى الدماء الثلاثة بقلم آية اللَّه الصادق الخلخالي وغيره فلم يطبع بعدُ وهو ممهّد للنشر ، لكن حيث يكون هذه الموسوعة غير مشتملة على التقريرات فعلى القارئ الرجوع إلى الكتابين وضمّهما إلى المجلّدات الأربعة من الطهارة حتّى تصير المباحث تامّة . والقارئ الحاذق يجد أنّ أبرز ما انفرد به هذا الكتاب الشريف ، التتبّع الوافي في مجالي الفقه والحديث ، والدقّة والعمق في استقصاء الأقوال ومحاكمة الأدلّة ونقدها . ويظهر هذا جليّاً بمراجعة بحوثه ومقارنتها ببحوث المتقدّمين على سماحته والمتأخّرين عنه ، حيث يجد فيها الخبير فوائد فقهية كثيرة لم يسبق غيره قدس سره إليها ، ويلمس فيه - بوضوح - القريحة القويمة في فهم الآيات القرآنية والأحاديث الشريفة ، وفي تحديد مرادات الفقهاء ومقاصدهم . ومع كلّ هذا فقد اشتمل الكتاب على بعض المباحث الرجالية المفيدة ، كالتحقيق في أخبار أصحاب الإجماع ، كما واستعرض بعض القواعد الفقهية المهمّة في باب الطهارة ، وفيه أيضاً تطبيق لبعض الآراء الأصولية التي ابتكرها