ومن المشاكل التي نواجهها هي مشكلة اختلاف الأحاديث فمن المناسب أن‌نتطرّق إليها : انّ مشكلة اختلاف الحديث من عمدة المشاكل التي يعانيها المحدّثون والفقهاء ولها أسباب عديدة : منها النسخ أي انتهاء أمد الحكم فلا يعرفه إلّاأهل الذكر الأئمة ( عليهم السلام ) . ومنها انّ الحكم كان من الأحكام السلطانية التي ترتبط بظروفها الخاصة . ومنها عدم القدرة على بيان الحقّ نتيجة الظروف الحرجة التي عاشها الأئمة ( عليهم السلام ) وكم يحدّث لنا التاريخ من التصرفات السيّئة التي ارتكبها الحكّام تجاه‌الأئمة من أهل البيت وأتباع مدرستهم . ومنها وضع السائل وشرائطه الخاصة ولكن الراوي لم يكن ملتفتاً للقرائن‌الحالية وتلك الشرائط . ومنها وجود العام والخاص والمطلق والمقيد . وهناك عوامل أخرى أثّرت في اختلاف الحديث وأدّت إلى التعارض بين‌الروايات نسمّيها بالأسباب الخارجية وفيما يلي نشر إليها إشارة عابرة . منها : الوضع ووجود الكذّابين . ومنها : عدم الإتقان في النقل من قبل الرواة والنسّاخ .