از وطن مألوف به جانب عجم آمد . . . در اقامت نماز جمعه كه . . . . مدت‌هاى مديدى متروك و مهجور بود . . . . با جمعى كثير از مؤمنين به آن اقدام مىنمود » . پس از شهادت شهيد ثانى و ظلم و جور سلاطين عثمانى به شيعيان آن سامان ، شيخ حسين ، والد شيخ بهايى اقامت در آن سامان را به صلاح نديده با فرزندان خويش و نيز فرزند شهيد ثانى ، شيخ حسن صاحب معالم ، از آن ديار به ايران كوچ نمود . در لؤلؤءة البحرين آمده است كه والد شيخ بهايى چون به مكه معظمه مشرف شد ، قصد نمود كه بقيه ايام حيات را در آن‌جا اقامت كرده باشد ، پس در عالم رؤيا ديد كه قيامت برپا شده و امر خداوند عالم تعلّق گرفت به اين‌كه زمين بحرين و آن‌چه در آن است بالا برده شود به سوى بهشت ، پس چون اين خواب را ديد ، اختيار مجاورت بحرين و وفات در آن‌جا را نمود . از نوشتار حكمت‌نامه ذيل از والد شيخ به فرزندش و درخواست او براى كوچ از ايران نيز صحت اين خواب معلوم مىشود : « يا ولدى لو كنت تطلب شيئا من الدنيا فاعهد بلاد الهند و ان حاولت الاخره فالتحق بنا الى هذا المقام و ان لم ترد شيئا منهما فلازم العجم . . . » * * * « فرزندم ! اگر طالب دنيايى به هند سفر كن و اگر طالب آخرتى به بحرين قدم بگذار و اگر هيچ كدام را نمىخواهى در ايران بمان ! » شيخ از وفات مرحوم والدش كه در بحرين به تاريخ هشتم ربيع الاول سال نهصد و هشتاد و چهار روى داد به شدت متأثر شد . ميزان عشق او به پدر از اشعارى كه براى پدر سروده و در موضوعات شماره 80 ، 134 ، 452 و . . . آمده است ، مشخص مىشود . از شيخ بهايى نقل است كه : « پدران ما در جبل عامل پيوسته عبادت كرده و صاحب كرامت بوده‌اند . جدّه من نيز صاحب كرامت بوده است ، چنان‌كه روزى اطفال گرسنه بوده و نان نداشتند ، آن مخدّره قدرى برف برداشته و در تنور افكند و نان بريان شد . »