و سلطان گفت : چه تشنيع لطيفى است . * از لطايف گفتار شيخ بهايى اين‌كه از او پرسيدند : با توجه به حديث نبوى كه مىفرمايد : اصحاب من مانند ستارگان هستند ، به هركدام كه اقتدا كنيد ، نجات مىيابيد ، پس چرا قتل عثمان را كه يكى از صحابه است ، شيعه جايز مىداند ؟ فرمود : به دليل همين حديث نبوى ! چرا كه ما به كشندگان او كه از صحابه رسول خدا صلى الله عليه و آله بودند ، اقتدا كرديم . درگذشت شيخ بهايى وفات شيخ بهايى در دوازدهم يا هيجدهم شوال سال هزار و سى يا به نوشته نظام الدين ساوجى كه از شاگردان شيخ است ، در سال هزار و سى و يكم در اصفهان واقع شد . در مسجد جامع عتيق با آب چاه او را غسل دادند و به مشهد حمل نمودند و در پايين پاى مبارك حضرت دفن شد . مرحوم محمد تقى مجلسى مىفرمايد : من تشرف جستم به نماز خواندن بر جنازه او با جميع طلبه و فضلا و بسيارى از مردم كه قريب پنجاه هزار بودند . درباره نحوه درگذشت مرحوم شيخ بهايى در عالم‌آراى عباسى چنين آمده است : « . . . روزى در مقابر مشهور به تربت عارف بابا ركن الدين اصفهانى به اداى صلاة مشغول بود ، آوازى از قبرى به گوش شيخ رسيد كه در عالم روحانى يكى از اهل قبور و آسودگان نهان‌خانه خاك با او به تكلم درآمده ، گفته بود كه اين همه غفلت چيست ؟ حال تيقّظ و هنگام آگاهى است . . . الحاصل بعد از وقوع اين واقعه غريبه ، سر به جيب تفكر فرو برده چند روز ترك معاشرت احبا و خلّان و مباحثه طالب علمان نموده آماده سفر آخرت مىگرديد و مترصد ارتحال از اين دار ملال و متفحّص ماه شوال بود و لحظه‌اى به فراغ خاطر نمىغنود . . . . تا آن‌كه در چهارم شهر شوال اين سال مريض گشته ، هفت روز پهلو بر بستر ناتوانى داشت . در روز هشتم كه سه شنبه دوازدهم شهر شوال بود ، طاير روح شريفش از تنگناى قفس بدن بيرون خراميده ، به عالم قدس پرواز نمود . » مرحوم اعتماد الدولة مادهء تاريخ درگذشت مرحوم شيخ بهايى را چنين سروده است :