در مباحث فلسفى از دائرهء برهان خارج نمىشدند ؛ و مواضع مغالطه و جدال و خطابه و شعر را خوب از قياسات برهانيّه جدا مىكردند ، و تا مسأله به اوّليّات و نظائرها منتهى نمىشد دست بر نمىداشتند . و هيچگاه مسائل فلسفى را با مسائل شهودى و عرفانى و ذوقى خلط نمىنمودند ؛ در مسائل فلسفى - در موقع تدريس - يك سخن از مسائل شهودى داخل نميشد ؛ و در اين جهت با صدر المتألّهين و حكيم سبزوارى فى الجمله متفاوت بودند . بسيار دوست داشتند كه در هر رشته از علوم ، بحث از مسائل همان علم شود ؛ و از موضوعات و احكام همان علم بحث و گفتگو شود ؛ و علوم با يكديگر درهم و برهم نگردند . و بسيار رنج مىبردند از كسانى كه فلسفه و تفسير و اخبار را با هم خلط مىكنند ؛ و چون برهان دستى از آنها نمىگيرد و در مسأله در مىمانند به روايات و تفسير متوسّل مىشوند و با استشهاد به آنها مىخواهند برهان خود را تمام كنند . از مرحوم ملّا محسن فيض كاشانى بسيار تمجيد مىكردند و مىفرمودند : اين مرد جامع علوم است و بجامعيّت او در عالم اسلام كمتر كسى را سراغ داريم ؛ و ملاحظه مىشود كه در علوم مستقلّا وارد شده ، و علوم را با هم خلط و مزج نكرده است . در تفسير « صافى » و « أصفى » و « مُصفَّى » كه روش تفسير روائى را دارد ، ابداً وارد مسائل فلسفى و عرفانى و شهودى نمىگردد . در اخبار ، كسى كه كتاب « وافى » او را مطالعه كند مىبيند يك اخبارى صرف است و گوئى اصلًا فلسفه نخوانده است . در كتاب‌هاى عرفانى و ذوقى نيز از همان روش تجاوز نمىكند ، و از موضوع خارج نمىشود ؛ با اينكه در فلسفه استاد و از مبرّزان شاگردان صدر المتألّهين بوده است . نظريات استاد علامه در فلسفه استاد ما از بو على سينا تجليل مىكردند ، و او را در فنّ برهان و استدلال