آثاره العلمية توفّر العلّامة الطباطبائي على التأليف والتعليق باللغتين العربية والفارسية ، وبمستويات مختلفة ، فقد ترك آثاراً علمية متعدّدة ، وفى مجالات مختلفة من فروع المعرفة ، وهى كالآتى : 1 أُصول الفلسفة . وضع هذا الكتاب النفيس باللغة الفارسية ، يقع في خمسة أجزاء ، وعليه تعليقات وبيانات مهمّة وعميقة لتلميذه العلّامة مرتضى مطهّرى . توفّر على بحث الاتّجاهات الفلسفية في الشرق والغرب . ترجمه إلى اللغة العربية : العلّامة السيّد عمّار أبو رغيف . 2 بداية الحكمة ؛ 3 نهاية الحكمة . 4 تعليقاته على « الأسفار الأربعة » لصدر المتألّهين ( في تسعة أجزاء ) . 5 تعليقاته على « أُصول الكافي » لثقة الإسلام الكليني . 6 تعليقاته على بعض أجزاء « بحار الأنوار » للعلّامة المجلسي . 7 تعليقاته على كتاب « كفاية الأصول » للآخوند الخراساني . 8 رسالة في إثبات الذات . 9 رسالة في الصفات . 10 رسالة في الأفعال . 11 رسالة في الوسائط بين الله والإنسان . 12 رسالة الإنسان قبل الدنيا . 13 رسالة الإنسان في الدنيا . 14 رسالة الإنسان بعد الدنيا .