وكان واضحاً بعد هزيمة كسرى على يد هرقل ، أن نظامه قد تضعضع وأن العراق يتهيأ للفتح بيد النبي ( صلى الله عليه وآله ) والمسلمين ، وأن القبائل العراقية ستتولى ثقل تحريره وكانت أكثر من ثلاثين قبيلة . وكان علي ( عليه السلام ) في حياة النبي ( صلى الله عليه وآله ) يصدع في وجه قريش بأنه سيواصل خط النبي ( صلى الله عليه وآله ) ليمنعها من التفكير بالردة ! « كان يقول في حياة رسول الله ( صلى الله عليه وآله ) إن الله يقول : أفإن مات أو قتل انقلبتم على أعقابكم والله لا ننقلب على أعقابنا بعد إذ هدانا الله . والله لئن مات أو قتل لأقاتلن على ما قاتل عليه حتى أموت ! والله إني لأخوه ووليه وابن عمه ووارث علمه فمن أحق به مني » . ( الحاكم : 3 / 126 ، وسنن النسائي : 5 / 125 ، والخصائص / 85 ، والمحاملي / 163 ، والطبراني في الكبير : 1 / 107 ، وابن كثير في تفسيره : 1 / 418 ، والدر المنثور : 2 / 81 ، ومجمع الزوائد : 9 / 134 ، وصححه . وأمالي الطوسي / 502 ، ومحمد بن سليمان في مناقبه : 1 / 339 . وعندما سيطرت قريش على خلافة النبي ( صلى الله عليه وآله ) سجل علي ( عليه السلام ) موقفه في إدانة ما حدث ، ثم نهض لدفع الأخطار عن الإسلام ، وتسيير سفينته ما أمكنه في المسار الذي أراده النبي ( صلى الله عليه وآله ) . ومن ذلك عمله لتصحيح حركة الفتوحات واختياره القادة الميدانيين في فتح العراق وفارس وفلسطين واليرموك ومصر .