پس از سال 619 كه از سالم بن بدران مجاز شده و بعد از تاريخ 624 كه ابتداى فرمانفرمائى ناصر الدين محتشم در قهستان است مىباشد . خواجه پس از مدتى اقامت در قهستان بنا بدر خواست علاء الدين محمد پادشاه اسماعيليه بهمراهى ناصر الدين بقلعهء ميمون‌دز رفت و پادشاه اسماعيلى مقدم او را گرامى داشت و در اعزاز و احترام وى افزود و كتابخانهء مهم خويش را براى مطالعه در اختيار وى گذاشت و خواجه در آنجا بىاختيار ببود تا آنكه علاء الدين درگذشت و نوبت سلطنت بخور شاه رسيد ، و در اين وقت هلاكو براى استيصال اسماعيليه به اطراف قلاع ايشان لشكر كشيد ، و خور شاه باستصواب خواجه تسليم شد . و در روز يكشنبهء اول ذىقعده سال 654 با اعيان دولت خود و خواجهء جهان و جمعى كه در قلعه محبوس بودند از دژ به زير آمد . هلاكو چون مراتب فضل و كمال خواجه را شنيده بود و هم آگاه شده بود كه خور شاه به صلاحديد وى دست از ستيز و آويز كشيده است او را بنواخت و ملازم ركاب خويش گردانيد . و چون از كار اسماعيليه فارغ شد بفكر فتح بغداد و تنبيه خليفه برآمد و در اين باب با خواجه مشورت نمود و خواجه او را در اين امر تشويق كرد و هلاكو متوجه بغداد گرديد و آن شهر را در محاصره افكند ، و مدتى زمان محاصره امتداد يافت تا آنكه لشكر مغول از اطراف ببغداد حمله كردند و كار را بر لشكر خليفه و مردم بغداد تنگ نمودند تا خليفه ناچار به تسليم گرديد و روز يكشنبه چهارم صفر سال 656 با سه پسر خود از شهر بيرون شد و باردوى هلاكو خان رفت و بغداد به تصرف مغولان درآمد . هلاكو پس از نابود كردن خليفه از اطراف بغداد حركت كرد و متوجه تختگاه خويش گرديد . خواجه طوسى پس از فتح بغداد سفرى بحله اسديه