تسلط مغولها گرفته مىشد منسوخ سازد و امور كشور را با مالياتهاى شرعى بسامان رساند . وى معتقد بود كه « مال خراج » شرعى اگر درست وصول شود براى تأمين احتياجات كشور كفايت مىكند و سربازان مىتوانند با دريافت منظم جيره و مواجب خود با خيال راحت حفاظت مرزها را بر عهده گيرند . فضل اللّه روزبهان اظهار تأسف مىكند كه قاضى وجهه و محبوبيتى را كه به عنوان يك روحانى داشت كم‌كم در نتيجهء گذشت زمان از دست داد . دوستان و هواداران نخستين خود را كنار گذاشت و به دنبال جمعى « بىاصل و بنياد » رفت و « مثالب و مساوى » وى بر سر زبانها افتاد . قاضى القضات ، برادر خود شيخ عيسى قاضى را كه فقيهى نامدار بود مأمور كرد تا به همراه كارشناسان دولتى و با داشتن اختيارات تمام ، برنامهء اصلاحات ارضى و تغيير سيستم مالياتى را در سرتاسر فارس و عراق بموقع اجرا بگذارد . پيشاپيش نيز نمايندگانى به كليهء شهرها فرستادند و دستور دادند كه دينارى از بابت « سيورغالات » به كسى پرداخت نشود تا مأمورين ديوان فرا رسند و وضع و مساحت و حدود املاك را مشخص سازند و « هر مرز و ساحت را حرز و مساحت كنند » . به همراه اين مأمورين يك‌نفر روحانى به قول فضل اللّه : « ملّا شكل قاضى نام » نيز اعزام كردند تا در كار صورت‌بردارى از املاك نظارت كند . داستان سخت‌گيريها و افراطكاريهاى شيخ على و مأمورين او در قزوين و اصفهان و شيراز و يزد كه موجب برآغاليدن بسيارى از متنفذين و امرا و مخالفت مشايخ و علما گرديد به تفصيل در كتاب فضل اللّه نقل شده است . اقدامات اين هيأت تا مرگ سلطان يعقوب ( 896 ) ادامه داشت و چون خبر مرگ او رسيد فرماندار فارس شيخ على را بازداشت كرد و او را به تبريز فرستاد . كار او پس از تحمل زجر و شكنجه بر سر دار افتاد و به قول امينى به « تعليق و تفضيح انجاميد » . قاضى عيسى خود نيز در قراباغ گرفتار و اعدام شد . تفصيل جزئيات اين قبيل امور در كمتر اثرى از مورخين حرفه‌اى پيدا مىشود . چنان كه در « احسن التواريخ » روملو از اين ماجرا به اشاره‌اى كوتاه بسنده شده است . اطلاع ما از اين جزئيات مرهون فقاهت فضل اللّه و علاقهء باطنى او به تعقيب مسائل حقوقى است .