تكيه رفاعيه كه داخل مسجد بود ، پس از اجازه از متوليان ، تعمير شد و سپس تكيه جديدى ، بنا گشت و مسجد ديگرى در سال 1999 م ، جنب مسجد قديم ساخته شد . در اين بازسازى ، مرقد سيد سلطان على ، گسترش يافت و درست زير گنبد ، قرار گرفت و گنبد دومى نيز بر بنا افزوده شد كه به مرقد سيد محمد مهدى ردينى رفاعى ، ملقب به رواس ، ( متولد 1220 ه - . ق و متوفاى 1287 ه - . ق ) متعلق است . در سال 1353 ه - . ق ، مأذنه مسجد جامع ، به علت فرسودگى آن و نيز تعريض خيابان جمهورى ( رشيد ) ، خراب گرديد و به جاى آن ، مأذنه اى جديد ساخته شد و قبر شيخ عبدالغفور محمد سعد حيدرى ، مفتى شافعى ( متوفاى 1310 ه - . ق ) كه در ايوان مسجد جامع قرار داشت ، تعمير شد . رياست تكيه رفاعيه را سيد ابراهيم افندى ، فرزند شيخ محمد افندى ، ( متولد 1281 ه - . ق ) به عهده داشت و هر شب جمعه ، جلسه يادبودى براى شيخ رفاعى برقرار مىشد . در اين تكيه ، دو اتاق براى استفاده علمى ، وجود داشت كه در يكى از آنها ، علامه احمد شاكر افندى بن سيد محمد شهاب الدين افندى آلوسى ، ( متوفاى 1330 ه - . ق ) و در اتاق دوم ، مرحوم سيد محمود شكرى افندى آلوسى تدريس داشتند . « 1 » شرح حال سلطان على وى در سال 459 ه - . ق ، در بصره متولد شد . هنگامى كه پدرش وفات يافت ، او يك ساله بود . كفالت و تربيت او را دايى اش ، منصور بطائحى ، برعهده گرفت

--> ( 1 ) . العقد الامع بآثار بغداد والمساجد والجوامع ، صص 396 - 399 ؛ مرقد المعارف ، ج 1 ، صص 361 - 363 ؛ معجم المراقد و المزارات فى العراق ، صص 270 و 271 .