به نوشته آية الله آخوند گزى ايشان كتاب هاى پر فائده دارند ، از جمله : « در فقه : رساله رضاع ، رساله اى در شرط ، رساله حيض ، رساله عدم جواز صلح حق الرجوع ، رساله قرعه ، رساله شهرت ، رساله عدم لزوم تقليد اعلم ، رساله منجزات مريض ، رساله صحت عبادت جاهل مطابقه با واقع ، رساله غنا ، رساله طهارت ، رساله خيار عيب ، رساله تداخل اسباب ، وحواشى هم بر « قوانين » و « فرائد » و « متاجر » كه اينها جزئى است ، و حاشيه فارسى بر « شرح لمعه » ، و « عنوان الكلام » كه شرح دعاهاى هر روزه ماه مبارك رمضان است كه عنوان مجالس مواعظ قرار داده ، و اهل منبر به جهت ارشاد خلق ، هميشه در كار دارند ، و چند « عشريه » كه چند مجلس دهه محرّم است ، « ذخيرة المعاد » در اصول دين كه قدرى ناتمام است ، ورساله « آداب الشريعة » ، ورساله هاى ديگر ، از چهل حديث ، واصول دين ، وفروع دين وادعيه مختصره پر فائده ، كه مكرّر چاپ خورده ومحلّ انتفاع عامّه است » . « 1 » سيد محمد حسن بن سيد احمد حسينى طباطبائى در سال 1295 ق رسائل زير از آثار ملا محمد باقر را كتابت كرده است كه نسخه آن در كتابخانه مجلس شوراى اسلامى نگهدارى مىشود : 1 . رساله در شهرت 2 . رساله در قرعه كه به دستور استادش نگاشته ، « وصارت محبوبة لنظره الشريف ؛ والإنصاف أنّها جليل الفائدة ، عظيم العائدة ، لم أر مثلها في محرّرات علمائنا الأجلة » . 3 . رساله در حكم مبتدأه و مضطربه « 2 » 4 . رساله در حكم عبادات جاهل 5 . رساله در تقليد اعلم . « تحفة المسعودية » ، در امامت و « سرمايه ايمان » در اصول دين از ديگر آثار اوست كه نسخه خطى آن در كتابخانه عمومى اصفهان موجود است . آخوند فشاركى در اجازه به ميرزا عبد الرزاق موسوى احمدآبادى درباره تأليفات

--> ( 1 ) . تذكرة القبور ص 54 - 53 . ( 2 ) . سيد زين العابدين رضوى خوانسارى نيز رساله آخوند ملا محمد باقر در حكم مبتدأة و مضطربة را كتابت كرده كه نسخه خطى آن در كتابخانه آية الله العظمى مرعشى نجفى نگهدارى مىشود .