ملا محمد طالقانى جامع مواعظ مذكور در مقدمه « فوائد المشاهد » مى نويسد : « در ايام جمعات و شهر الله الأكبر الأعظم رمضان المكرّم و ماه محرّم ونحوها ، موعظه مى فرمود شيخ المشايخ ، ذو المجد الشامخ ، المولى القمقام ، وقدوة الربّانيين العظام ، الخائض فى مدارك العلم والعمل ، والغائص فى أسرار الآخر والأول ، منبع الفضل وعين العدل ، مروّج الشريعة ومهذّب الطريقة ، الذى كان يمقت الناس فى ذات الله ويرى للقرآن وجوهاً كثيرة ، ثمّ يقبل على نفسه الشريفة ، فيكون لها أشدّ مقتاً ، قدوة الفقهاء والمجتهدين ، حجة الملك الأمين على الإسلام والمسلمين ، شيخنا الأعظم الأكبر المولى الشيخ جعفر ، المولود فى التستر ، والنزيل بمشهد خير البشر بعد السيد الخاتم ، صاحب الحوض والكوثر ، حيّاً وميّتاً . چه عالمى كه امّت را ثكلى از ارتحالش به دار اخرى ، و عالم را صاحب عزا و بكاء از وداعش به دار اولى نمود . تناثر النجوم قبل وفاته بأيام قلائل ، كما صار ذلك فى فقد عدّة من الفقهاء فى الأوائل . ستارگان آسمان از شدّت مصيبتش بر زمين فرو شدند در سنه ثلاث و ثلاثمائة بعد الألف ، چنانچه بر زمين ريخته شده بودند در وقت فقد عماد الإسلام كلينى و بعضى ديگر در سنه ثمان وعشرين و ثلاثمائة . پس اين اتفاق ممكن است كه در مصيبت فوت ايشان باشد . و همين ايشان را كافى است فضلًا وفخراً ، و شيعيان را بس است حجتاً وبرهاناً ، كه علما و راهنمايان ايشان منبع فضايل و كرامات و مصدر عجايب و آيات اند . . . و حقير جامع ، اهتمام تمام لامع داشت بر حضور مجلس موعظه آن خلد آشيان ، عليه الرحمة والرضوان ؛ چه آنكه مواعظ شريفه اش از بحار انوار مؤسّسين اساس موعظه ، محمد اشرف الخليقة وآله أفضل البرية قطره اى ، و از شموس نصيحت ايشان عليهم السلام ذرّه اى بود . حالات حقيّت آياتش ، از آن حالات با بركات ، آيتى ، و بيانات زاكياتش بر آن بيانات مقدّسات ، دلالتى داشت . خوف خالصش به خداى تعالى ادنى مناسبتى به آن حقايق خوف ، و رجاء ماحضش اندك مشابهتى به آن اصول رجا پيدا كرده ، حبّش به موعظه از حبّ ايشان نمونه اى ، و شوقش به دعوت ابناى آدم به خلاق عالم نشانه اى