توفي العلامة الوحيد 29 شوال 1205 عن تسعين سنة تقريباً ، ودفن في الحائر الشريف عند رجل الشهداء السعداء . وقال ولده الآقا محمد على البهبهاني في تاريخه : ( رفتي ز دنيا باقر علم ) « 1 » وقال تلميذه السيد محمد حسن الزنوزي صاحب رياض الجنة فيه : « 2 » ( شرع بي دل ، فضل بي سر ، زهد شد بي پا وسر ) يروى عن والده العلامة بطرقه ، وعن غيره أيضاً . قال في الإجازة للسيد العلامة بحر العلوم : ( فقد استجازني الولد الأعزّ الأمجد المؤيد الموفّق المسدّد ، والفطن الأرشد ، والمحقّق المدقّق الأسعد ، ولدي الروحاني ، والفاضل الذكي ، والمتتبّع المطّلع الألمعي ، السيد السند النجيب الأمير محمّد مهدي ، ولد العالم الكامل الدّين ، والسيد الأنجب المتدين ، الفاضل الأمين ، السيد مرتضى الطباطبائي . . . فأجزته أن يروي عنّي جميع مصنّفاتي ومؤلّفاتي ومسموعاتي ومقروءاتى على أساتيدي العظام ومشايخى الكرام ، منهم : الوالد الماجد العالم الفاضل الكامل الماهر المحقّق المدقّق الباذل ، بل الأعلم الأفضل الأكمل ، أستاد الأساتيذ والفضلاء ، وشيخ المشايخ العظماء العلماء الفقهاء ، مولانا محمّد أكمل ، غمره الله تعالى في رحمته الواسعة وألطافه البالغة . عن أساتيده الأعاظم ومشايخه الأفاخم ، فريدي الدهر ووحيدي العصر ، لم يسمح الزمان بمثلهم ، ولم يوجد نظيرهم وعديلهم ، المشتهرين في المشارق والمغارب ، المستغنين عن التعريف بالفضائل والمناقب : مولانا ميرزا محمّد الشيرواني ، والشيخ جعفر القاضي ، ومولانا محمّد شفيع الإسترآبادي . بل على ما أظنّ عن المحقق جمال الملة والدين الخوانساري أيضاً ، وخالي العلامة المجلسي أيضاً ، ورأيت إجازته له ، رحمهم الله تعالى ،

--> ( 1 ) . مرآت الأحوال ، ج 1 ، ص 128 132 . ( 2 ) . رياض الجنة ، ج 4 ، ص 331 .