عاد السيد المقدّس إلي أصفهان واشتغل بإقامة الجماعة والوعظ والتدريس والتحقيق والتأليف ، وكان له مكتبة حافلة يشتغل فيها دائماً بالمطالعة والتأليف . وكان وكيلًا من قبل آية الله السيد حسين البروجردي في أصفهان . هاجر في أواخر عمره الشريف إلي قم وسكنها قرب عشر سنين ، مشغولًا بالتدريس والتأليف وإعانة الطلاب والمحصلين ، واستفاد من درس الفقيه البروجردي أيضاً . كان عالماً متتبّعاً مكثراً ، وقد بقي منه آثار كثيرة ، منها : 1 . كتاب الأوائل ، طبع بتصحيح العلامة السيد محمّد علي الروضاتي . 2 . رسالة في صلاة الجمعة . 3 . كتاب الأواخر . . كتاب العظيم في تفسير 17 آية من القرآن الكريم المشتملة علي كلمة عظيم . 5 . كتاب الخوف والرجاء . 6 . مواعظ لقمان . دوّن هذه الثلاثة الأخيرة الشيخ محمّد باقر الملبوبي بعد وفاة المؤلّف ، وطبع الأخير . وكتب في أيام التحصيل تقريرات بحث المحقّق النائيني في الصوم ، وبحث الآقا ضياء الدين العراقي في الرضاع ومنجّزات المريض . توفى السيد المقدّس ظهر يوم الخميس 11 ربيع الأولي 1378 ودفن بعد تشييع عظيم في تخت فولاد أصفهان ، وبنى بقعة على قبره . قال الميرزا حبيب الله النير في وفاته : حكم الإله يجري في كلّ من تنفّس * والموت للبرايا ثوب الرحيل ألبس قد مات آية الله محبوبنا محمّد * في القدس راح روحاً دارالفخار أسّس من طاف بيت ربّه ، ذوالمجد والمعالي * بل في بيان علمه ، نطق اللسان أخرس يا نير انتقص من ذا أربعاّ وأرّخ : * « الخلد صار مأوي للسيد المقدّس »