نمى غنود ، تا آن كه طلبه علوم كه همه روزه از او مستفيض بودند ، به براهين عقليه و دلايل نقليه ، شيخ را ترغيب نمودند كه در باطن با خدا بوده ، به ظاهر ، فيض القاء علوم از طلبه باز نگيرد ، و مثوبات آن را علاوه طاعات و عبادات شمرد . از تكرار اين گونه مقالات ، خاطرش فى الجمله آرام گرفته ، رفته رفته با خلق الله به دستور آميزش نموده ، تا سه ماه ظاهراً اوقات به مباحثه علوم و افاده تلامذه صرف نموده ، در اتمام نسخه شريفه جامع عباسى اهتمام داشت ، و باطناً با آسودگان عالم ارواح همراز و با روحانيون عالم اشباح دمساز بود . تا آن كه در 14 شهر شوال اين سال مريض گشته ، هفت روز پهلو بر بستر ناتوانى داشت ، و روز هشتم كه سه شنبه 12 شهر شوّال بود ، طاير روح شريفش از تنگناى قفس بدن بيرون خراميده ، به عالم قدس پرواز نمود . حضرت اعلى شاهى ظل اللهى در ييلاق تشريف داشتند . جمعى از اعيان كه در شهر مانده بودند در پيش و پس جنازه مغفرت اندازه قدم بر خاك نهاده ، وضيع و شريف در برداشتن جنازه به يكديگر سبقت مى جستند . ازدحام خلايق به مرتبه اى بود كه در ميدان نقش جهان ، با همه وسعت و فسحت ، بر زبز يكديگر افتاده ، از هجوم عام ، بردن جنازه دشوار بود . در مسجد جامع عتيق ، به آب چاه غسل داده ، علما و فضلا بر آن جنازه محفوف به رحمت حى لا يموت نماز گزارده ، در بقعه شريفه منسوبه به حضرت امام الساجدين وقبلة العارفين امام زين العابدين عليه السلام كه مدفن دو امامزاده عاليقدر است گذاشته ، از آنجا نقل به جانب مشهد مقدّسه رضويه ، على مشرّفها الصلاة والتحية نموده ، بر وفق وصيتى كه خود كرده بود در پايين پاى مبارك در منزلى كه در ايام اقامت مشهد مقدّس ، مدرس شيخ بود مدفون گشت . رحمه الله . ارباب استعداد تواريخ مرغوبه يافته ، در سلك نظم كشيده اند . از آن جمله جناب اعتماد الدولة ميرزا ابو طالب را اين تاريخ از رياض طبيعت سرزد : رفت چون شيخ ز دار فانى * گشت ايوان جنانش مأوى