طبعت في مجموعة 16 من « ميراث حديث شيعه » . * أحسن التقويم . في النجوم على ما ورد في الروايات ، ألفه سنة 1240 . طبع في بمباي ثم في النجف الأشرف . * الأخلاق . مختصر من كتابيه « زاد العارفين » و « نهج السالكين » ، أتمه سنة 1225 . * الأخلاق . فارسي غير الكتب المذكورة ، ألفه سنة 1225 . * أدب سلوك الدين والدنيا . في الأخلاق والسير والسلوك ، ألفه سنة 1240 . * الأربعون حديثاً . مرتب على ترتيب الحروف . * إرشاد المستبصر . في الاستخارات وألفه سنة 1230 . طبع سنة 1306 . * أسرار العبادات . * الأصول الأصلية والقواعد المستنبطة من الآيات والأخبار المروية . جعله رابع مجلدات موسوعته « جامع المعارف والأحكام » . طبع منفرداً في قم سنة 1404 . * أصول الدين . ألفه لأمر السيد جعفر الخلخالي وأتمه في أول رجب سنة 1223 . * أصول الدين . كبير فيه إثبات الأصول بالأدلة والنظر ، وفيه بحوث كلامية وأخلاقية وفقهية ، وهو غير المذكور قبله . * أعمال اليوم والليلة والأسبوع . ألفه سنة 1228 . * الانفتاحية . رسالة في انفتاح باب العلم خلافاً لمن يذهب إلى إنسداده . * الأنوار الساطعة . في العلوم الأربعة ( المعارف الخمسة ، الأخلاق ، عجائب المخلوقات ، الفقه ) . * الأنوار اللامعة في شرح الزيارة الجامعة . مختصر جداً ألفه سنة 1224 وطبع بالنجف سنة 1354 وبيروت سنة 1404 . * أنيس الذاكرين . في الأدعية والأعمال والحوادث الدينية ، مختصر كتابه « عجائب الأخبار ونوادر الآثار » . * أنيس الزائر . وهو غير كتابه « تحفة الزائر » . * أنيس الزائرين . مختصر كتابه « تحفة الزائر » ، اختصره باستدعاء ميرزا محمد رضا المنشي الأنصاري . * البرهان المبين في أصول الدين . غير الكتاب اللاحق ، ولعله مختصر كتابه « الحق اليقين » . * البرهان المبين في فتح أبواب علوم الأئمة المعصومين . في أصول الدين وألفه سنة 1223 .