* مخطوطاته : المرعشي / قم ( التراث العربي المخطوط 1 / 307 ) [ 2344 ] - 1293 ه ، نسخة مصححة عليها تعليقات المؤلّف . السيّد مهدي الشفتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 270 ) - 1293 ه ، 2 ج ، مصححة . 3 - حاشية على البهجة المرضية ( عربي / لغة ) وهي محاولة لتكملة تعليقة والده على « البهجة المرضية » لجلال الدين السيوطي . 4 - حاشية النخبة ( عربي / فقه ) و « النخبة » رسالة عملية للشيخ محمد إبراهيم الكلباسي . * طبعاته : طهران ، 1328 ه . 5 - حواش على تحفة الأبرار ( فارسي / فقه ) و « تحفة الأبرار » رسالة عملية لوالده السيّد محمد باقر . ألّفها سنة ( 1275 ه ) . مخطوطة منها كانت عند الميرزا محمد علي الإصفهاني . 6 - الرجال ( عربي / حديث ) * مخطوطاته : محمد باقر الشفتي الخاصّة / إصفهان ( الذريعة 10 / 95 ) ، بخط المؤلف . 7 - رسالة عصيرية ( عربي / فقه ) رسالة في حرمة عصير الزبيب ، في أحكام الخمر . * مخطوطاته : السيّد محمد علي الروضاتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 278 ) ، بخط المؤلّف . * طبعاته : قم ، عطر عترت ، 1426 ه ، وزيري ، 527 ص ، تحقيق مهدي شفتي . 8 - الرسالة العملية ( عربي / فقه ) في الطهارة والصلاة والزكاة والخمس والصوم . * مخطوطاته : جامع گوهرشاد / مشهد 3 / 1507 [ 1091 ] - 1276 ه ، عليها تعليقات للمؤلف . 9 - رسالة عملية « 1 » ( فارسي / فقه ) 10 - رسالة في الأحكام الوضعية ( عربي / فقه ) * مخطوطاته : السيّد مهدي الشفتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 270 ) ، بخط المؤلّف . 11 - رسالة في إرث الزوجة ( عربي / فقه ) * مخطوطاته : السيّد مهدي الشفتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 271 ) ، بخط المؤلّف . 12 - رسالة في التجويد « * 1 » ( عربي / علوم القرآن ) * مخطوطاته : السيّد هبة الدين الشهرستاني الخاصّة / الكاظمية ( الذريعة 3 / 360 ) . 13 - رسالة في التقدير ( عربي / عقائد ) * مخطوطاته : السيّد مهدي الشفتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 271 ) ، بخط المؤلّف . 14 - رسالة في التقليد ( عربي / فقه ) * مخطوطاته : السيّد مهدي الشفتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 271 ) ، بخط المؤلّف . 15 - رسالة في الحبوة ( عربي / فقه ) * مخطوطاته : السيّد مهدي الشفتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 271 ) ، بخط المؤلّف . 16 - رسالة في الرخصة والعزيمة ( عربي / فقه ) * مخطوطاته : السيّد مهدي الشفتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 272 ) ، بخط المؤلّف . 17 - رسالة في السبب والمانع ( عربي / أصول الفقه ) * مخطوطاته : السيّد مهدي الشفتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 272 ) ، بخط المؤلّف . 18 - رسالة في الشبهة المحصورة وغير المحصورة ( عربي / أصول الفقه ) * مخطوطاته : السيّد مهدي الشفتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 272 ) ، بخط المؤلّف . 19 - رسالة في صلاة الليل ( فارسي / معارف دينية ) 20 - رسالة في معرفة التكاليف ( عربي / فقه ) اشتملت على باب الطهارة والصلاة والزكاة والصوم . * مخطوطاته : السيّد مهدي الشفتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 280 ) ، بخط المؤلّف . 21 - رسالة في الميراث ( عربي / فقه ) * مخطوطاته : السيّد مهدي الشفتي الخاصّة / إصفهان ( بيان المفاخر 2 / 282 ) ، بخط المؤلّف . 22 - شرح زيارة عاشوراء ( عربي / أدعية وزيارات ) * مخطوطاته : محمد باقر الشفتي الخاصّة / إصفهان ( الذريعة 13 / 307 ) ، بقلم المؤلف .

--> ( 1 ) انتخب بعضا منها في حياة المؤلّف تلميذه السيّد علي . إحدى مخطوطاته كانت عند الميرزا محمد علي الإصفهاني في النجف . ( * 1 ) نسبها إلى المترجم له عدد من أصحاب التراجم كالسيد الأمين في أعيان الشيعة 3 / 287 والسيّد المهدوي في بيان المفاخر 2 / 271 والشيخ الطهراني في الكرام البررة 1 / 125 ، ولكن أنكر الشيخ الطهراني نفسه نسبتها إلى المترجم له في الذريعة 3 / 360 ، حيث شاهد مخطوطتها وعلّق عليها بأنّ مؤلّفها ليس ابن حجة الإسلام الإصفهاني فهو موسوي ، وهذا حسيني .