أنعم عليه الخديوي توفيق باشا بلقب باشا وفي أغسطس سنة 1888 م عين مفتشا لصحة مدينة القاهرة ورئيسا للبعثة الطبية والطبية الشرعية وبعد عامين من هذا التاريخ أعيدت له أيضا في أغسطس سنة 1890 م وظيفتا أستاذ الطب الشرعي وقانون الصحة العملية في مدرسة الطب وفي السنة التالية وهي 1891 م سافر إلى لو ندره مندوبا من قبل الحكومة في المؤتمر الدولى للأجناس البشرية والصحة وفي ديسمبر سنة 1891 م عين ناظرا لمدرسة الطب وكان فضلا عن ذلك يدرس بها الطب الشرعي وقانون الصحة العملية والأمراض الباطنة والعيادة الخارجية ولما هدد الطاعون الدملى البلاد بظهوره أرسل الدكتور إبراهيم باشا حسن مع الدكتور روجرس باشا والدكتور بيتر إلى الهند لدرس الطاعون . وطبعت نظارة المعارف العمومية تقريرهم الرسمي كما انها طبعت مجلدين كبيرين للدكتور إبراهيم باشا هما جزءا كتابه الأمراض الباطنة وفي سنة 1898 م وقف ما كان يلقيه من دروس الأمراض الباطنة والطب الشرعي لانتخابه رئيسا شرفيا لمدرسة الطب وقد حصل من الحكومة الفرنساوية على دبلوم ووسام وزارة المعارف وفي سنة 1899 م قلد الوشاح الأكبر للنيشان المجيدى وفي أغسطس سنة 1903 م أحيل إلى المعاش وأخذ يتخلص تدريجا من مرضاه الذين كانوا يقصدونه فكان يقضى الصيف في أوروبا والشتاء في مصر وقد حالت الحرب الأوربية سنة 1914 م دون عودته إلى القاهرة فقضى السنين الأخيرة في أوروبا حيث توفى في 4 يناير سنة 1917 م وله مؤلفات كثيرة منها كتاب الدستور المرعى في الطب الشرعي وكتاب آخر اسمه جامعة الدروس السنوية في الأمراض الباطنية وروضة الآسى في الطب السياسي طبع سنة 1876 م والطب الباطني ولما أرسلت الحكومة المصرية وفدا من قبلها إلى الهند ليبحث في سبب انتشار الطاعون انتدبته ليكون من أعضائه لثقتها التامة به ( مرآة العصر في تاريخ ورسوم وأكابر الرجال بمصر لالياس زخورا ص 505 طبع سنة 1897 م بمصر ) .