مقتدر و پربار خودنمايى كرد و از بزرگترين پايگاههاى تعليم و تربيت علوم اسلامى به شمار رفت . حسودان به دولت ضد مردمى و دشمن دين و فرهنگ گزارش دادند كه مدرسهء آية اللّه عالم ، مركز فعاليتهاى ضد دولتى شده است و سيد حبيب اللّه خان از اين مركز حمايت مالى و سياسى مىكند . عمّال رژيم سيّد حبيب اللّه خان را به اتهام حمايت از يك روحانى و حوزهء علميّه دستگير كرد و به زندان انداخت . او مدتى به اين جرم در زندان بود . آية اللّه عالم براى آزادى سيد حبيب اللّه خان عازم مزار شريف شد و در سر راه خود ، مدّت كوتاهى در ايل يلمرب اقامت كرد . مردم مركز ولايت اطلاع يافتند كه آن رهبر دينى وارد مزار شده است . شيعيان پروانه‌وار دور شمع وجودش گرد آمدند و از آن عالم عارف و زاهد تقاضا كردند ماه محرّم را در آن محل بماند . ايشان دعوت مردم را پذيرفت و ده روز محرم را براى ارشاد مردم سخنرانيهاى آتشين و بيداركننده مىنمود . در اين سفر حسينيه‌اى بنا نهاد و پيشنهاد تأسيس مدرسه علميّه چهاركنت را مطرح كرد . مردم عاشق دين به مدّت كوتاهى بناى آن حوزه را به اتمام رسانيدند و محصلان علوم دينى مشغول تحصيل شدند . آية اللّه عالم مرحوم شيخ خدا نظر را كه مردى جليل القدر و از شاگردانش بود ، به عنوان استاد و سرپرست حوزه علميّه چهاركنت تعيين كرد و خود به شهر مزار شريف وارد شد و با تلاش و همكارى بزرگان مزار سيد حبيب اللّه خان را از زندان آزاد كرد و از راه درّه صوف عازم بلخاب گشت . هم‌سلول سيد حبيب اللّه خان زنجيرپا از فرقه اسماعيليه بود كه او نيز آزاد شد و به همراهى آن فقيه فرزانه به درّه صوف رفت . آن مرد آزاده از آية اللّه عالم خواهش كرد كه شبى را مهمان او باشد . ايشان دعوت را پذيرفت و چند شبى در آن محل ماند . اهالى دسته‌دسته به ملاقات آقا و همراهانش مىآمدند . براثر انفاس پاك و ارشاد آن روحانى متعهد ، عدّهء زيادى از آن مردم به مكتب اهل بيت عليه السّلام روآوردند و تا به امروز افتخار مىكنند كه به دست مبارك آية اللّه عالم شيعهء اثنى عشرى شده‌اند . در اين سفر ، حضرت آية اللّه عالم حوزه علميّه سرولنگ را نيز افتتاح كرد و