توفى العلامة الكبير الشيخ عبد الحسين المظفر عصر الاثنين في الأول من شهر رمضان 1416 ه ، الموافق ليوم 21 / 1 / 1996 م في منطقة الخندق في البصرة ، ودفن في النجف الأشرف ، في مقبرة الأسرة الواقعة في وادي السلام ، وأرخ وفاته الشاعر السيد عبد الستار الحسني بقوله : دنيا التقى قد أصيبت * بفادح ليس يجبر والفضل والعلم ناحا * لفقد حبر مطهر سليل من شبهوه * لزهده بأبي ذر ( شافي ) سقام البرايا * ( كافي ) عنا كل معشر فعزم أم المعالي * مذ أثكلت بابنها البر بفقد ذا ( العين ) أرخ * عبد الحسين المظفر ورثاه الشاعر السيد عبد الأمير جمال الدين بقصيدة منها : مر عام وأنت عنا بعيد * ولك الذكر عاطر وجديد أيها الراحل العظيم سلاما * ز انه الود والوفاء الحميد خسئ الموت أنت حي وتبقى * من سجاياك في الحياة شهود ويقوم ولده الشيخ الدكتور علي المظفر بمقام والده ، فضلا عن جهوده العلمية في كلية الفقه .