صدر عن حياته واستشهاده كتاب " مسيرة تضحية وجهاد " وهو لمجموعة من الباحثين وكان ولده السيد جمال الدين ، وقد توفى عام 1984 م ، وكان موضع اعتماد الإمام السيد الخوئي ، وقد كتب في الفقه والأصول والأدب كتبا منها « 1 » : 1 - تعليقات وحواشي على بعض الكتب الفقهية . 2 - تقريرات بحث الإمام الخوئي الفقهية والأصولية . 3 - ديوان شعر . 4 - كتابات في الفلسفة . 5 - أحاديث باللغة الفارسية . 6 - شرح ديوان المتنبي . أما السيد محمد تقي الخوئي فقد كتب تقريرات والده " مستند العروة الوثقى " وكتاب " الشروط أو الالتزامات التبعية في العقود " ويقع في ثلاثة أجزاء ، وقد اغتيل في أثناء عودته من مدينة كربلاء إلى النجف الأشرف عام 1994 م . وقد أرخ أدباء النجف وشعراؤها وفاة الإمام السيد الخوئي ورثاه آخرون بقصائد ، وأحيت الحوزة العلمية ذكرى وفاته في سنوات عديدة استذكارا لمكانته العلمية الكبيرة ، فأرخ الأستاذ الدكتور محمد حسين الصغير وفاة السيد الخوئي بقوله « 2 » : لما اصطفينا للهدى مضجعا * وأصبح الخوئي فيه دفين

--> ( 1 ) الأميني : معجم رجال الفكر والأدب في النجف ص 170 . ( 2 ) الصغير : أساطين المرجعية العليا ص 266 ، الحسيني : لمحات من حياة الإمام المجدد السيد الخوئي ص 122 ، أحد خدام الشريعة : لمحات من حياة الإمام الخوئي قدس سره ص 55 .