الطاعون في مدينة النجف غادرها الشيخ علي الكني إلى طهران وأصبح فيها مرجعا وفقيها ، وقد ألف في الفقه والأصول ما يلي « 1 » : 1 - إرشاد الأمة ، رسالة عملية . 2 - الاستصحاب . 3 - أجزاء أو كراريس في الفقه والرجال . 4 - تحقيق الدلائل في شرح تلخيص المسائل في القضاء والشهادات . 5 - توضيح المقال في الرجال والدراية . 6 - الصلاة . 7 - الطهارة . 8 - كتاب البيع والخيارات . 9 - مسائل الأوامر والنواهي والمفاهيم والاستصحاب ، كتبها عام 1244 ه . توفى الشيخ ملا علي الكني يوم الخميس 27 محرم الحرام عام 1306 ه / 1888 م في طهران ودفن بالقرب من قبر السيد حمزة بن الإمام موسى الكاظم عليه السلام في مشهد السيد عبد العظيم الحسني ، وقد رثاه السيد حيدر الحلي بقصيدة منها « 2 » : وأحر قلبي لخطب هائل هجما * أحال مذ حل أمجاد الورى عدما رزء أناخ بأقصى الأرض كلكلة * فثل ركنا من الإسلام فانهدما قد حلت اليوم بالإسلام كارثة * فهونت كلما يأتي وما قدما قضى علي فما العيون إذا * لم تمزج الدمع من فرط البكاء دما

--> ( 1 ) حرز الدين : معارف الرجال 2 / 113 ، الأمين : أعيان الشيعة 1 / 125 ، الطهراني : الذريعة 4 / 427 ، الخياباني : كتاب علماء معاصرين ص 26 ، الأميني : معجم رجال الفكر ص 381 ، مصادر الدراسة عن النجف والشيخ الطوسي ص 83 . ( 2 ) الأمين : أعيان الشيعة 42 / 14 - 15 .