وفاته : بعد عزل المولى محمد زين العابدين أفندي من المشيخة ، أقام في منطقة كاليجه بالقرب من ساحل خانه في استانبول ، وبقي فيها حتى وفاته في 30 ذي القعدة 1164 ه - 20 تشرين الأول 1751 م ، وقد دفن قرب والده في مقبرة كوجل مير أفندي بالقرب من تربة أبي أيوب الأنصاري في استانبول ، وكان محمد أفندي إلى جانب كونه عالما وفقيها ، كان شاعرا وطبيبا ، وكان من أهل الخير والحسنات ، واقفا إلى جانب الفقراء والمساكين ، وخلف من الأولاد عبد الهادي أفندي والحاج حسين أفندي « 5 » .

--> ( 5 ) - Istanbul'da Gomulu , S . 72 .