مع الصدر الأعظم بندرلي علي باشا « 9 » ووقعت بينهما مشادة انتهت بعزل شيخ الإسلام خليل أفندي ، وبعد ذلك تم عزل الصدر الأعظم « 10 » ، وكانت مدته في المشيخة ( سنة واحدة و 7 شهور و 10 أيام هجرية ) - ( سنة واحدة و 6 شهور و 25 يوما ميلادية ) وعين خلفا له في المشيخة ، السيد أحمد عبد الوهاب أفندي وكانت دفعته في تسلسل شيوخ الإسلام ( 137 ) في عهد السلطان محمود الثاني . وفاته : بعد عزله من المشيخة ، تم نفي خليل أفندي إلى قره حصاري ، حيث عاش عدة شهور فيها ، في نفس الوقت تم نفي زوجته ( خواجة خانم ) إلى بروسه ، وتوفيت في المنفى نتيجة ظروف غامضة ( وتشير بعض المصادر إلى أنه تم إعدامها هناك ) « 11 » ، وعندما سمع خبر وفاة زوجته ، توفي خليل أفندي متأثرا بذلك ، في 3 ذي القعدة 1236 ه - 2 آب 1821 م ، ودفن في قره حصار ، في ساحة جامع أحمد باشا « 12 » ، وله العديد من الأبناء والأحفاد .

--> ( 9 ) - الصدر الأعظم بندرلي علي باشا : وهو الصدر الأعظم الثامن في عهد السلطان محمود الثاني ، وقد تولى الصدارة ، مدة تقارب الشهر ، خلال ( 23 رجب - 27 شعبان 1236 ه - 28 آذار - 30 نيسان 1821 م ) وفي معجم الأنساب ، ذكر بأنه تولى الصدارة في 18 رجب 1236 ه ولمدة 9 أيام فقط ، انظر : معجم الأنساب ، ج 2 ، ص 247 ، Basbajanilk , S 315 . ( 10 ) - دوحة المشايخ ، ص 126 ، تاريخ جودت ، ج 11 ، ص 196 - 197 . ( 11 ) - قاموس الإعلام ، ج 3 ، ص 2056 . ( 12 ) - جامع أحمد باشا في قرة حصار : إحدى جوامع مدينة قره حصار العثمانية ، ولم نجد عن هذا الجامع معلومات