عام 1394 ه إثر التلاحم الجماهيري مع الحركة الإسلامية وقيام السلطة بإعدام الشهيد الشيخ عارف البصري مع أربعة آخرين من قياديي حزب الدعوة الإسلامية . أما اعتقاله الثالث فقد حصل بعد الإقامة الجبرية الطويلة التي فرضها عليه نظام البعث الحاكم حيث أقدمت السلطة على اعتقاله مع شقيقته بنت الهدى صبيحة يوم السبت الخامس من نيسان عام 1980 ميلادية ( الموافق 20 جمادي الأولى عام 1400 ه ) لينقلا إلى سجون السلطة في بغداد ثم ليلتحقا بالجليل الأعلى بعد تعذيب رهيب وخسيس في ظل تعتيم إعلامي من دول الاستكبار العالمي ومنظماته المدّعية حماية حقوق الإنسان في العالم . وفي محاولة يائسة من النظام ، حاول صدام أكثر من مرة استمالة السيد الشهيد ومساومته فبعث له عدة وفود تعرض عليه التراجع عن مواقفه وذلك بأساليب الترغيب والترهيب فكان جواب السيد الشهيد الرفض المطلق قائلا لمبعوثي القصر الجمهوري : إنكم تطلبون المستحيل ! وحين قيل له أن الرفض يعني الإعدام ، علّق بقوله : « إن هذا طريق آبائي وأجدادي وكلهم قضوا صرعى وقتلى فلا عجب أن أكون كأحدهم . . . أنا منتظر تنفيذ حكم الإعدام » . وأعلن بثبات وإباء في ندائه الأخير لشعب العراق : « وأؤكد لك يا شعب آبائي وأجدادي بأني قد صممت على الشهادة . ولعل هذا آخر ما تسمعونه مني ، وسأبذل آخر قطرة من دمي في سبيل اللّه من أجلك » . وقد استشهد رضوان اللّه عليه في بغداد وتم دفنه في 23 جمادي الأولى عام 1400 ه الموافق 9 نيسان 1980 م . له : فدك في التاريخ . غاية الفكر في علم الأصول ( مسائل معقدة أصولية ) . فلسفتنا . اقتصادنا . الأسس المنطقية للاستقراء . البنك اللاربوي في الإسلام . بحوث في شرح العروة الوثقى . تعليقه على منهاج الصالحين . الفتاوى الواضحة . دروس في علم الأصول . المدرسة الإسلامية . سلسلة الإسلام يقود الحياة ( 6 حلقات ) . التفسير