وأثناء إقامته بالآستانة ألّف الجزء الثالث من كتابه صفوة الاعتبار ، وحرّر رسالة سمّاها : التحقيق في مسألة الرقيق . كما حرّر رسالتين في ما يجب للنبيّ ، وفي ما يجب لآله . وحرّر أيضا رسالة في سكنى دار الحرب . ثم في محرم 1302 ه / نوفمبر 1884 م ، انتقل بعائلته إلى مصر معرّجا على بلاد اليونان ، واستوطن القاهرة . ثم أصدر ، في 25 ربيع الأوّل 1302 ه / 11 جانفي 1885 م ، جريدة « الإعلام » التي توقّفت عن الصدور في غرّة جمادى الأولى 1306 ه / 3 جانفي . 1889 وإذّاك تولّى خطّة القضاء في محكمة مصر الابتدائية الأهلية في يوم 12 جمادى الأولى 1306 ه / 14 جانفي 1889 م . وكان قبل ذلك زار فلورنسا بإيطاليا ، ثم باريس ، ثم لندرة ، ثمّ برلين ، ثمّ فيينا . وكان ذلك في سنة 1304 ه / 1887 م . وألّف أيضا رسالة « تجريد السنان للردّ على الخطيب رونان » ( ت 1892 م ) . وكان رونان ألقى في جامعة السربون بباريس محاضرة عنوانها « الإسلام والعلم » بيّن فيها عدم التلاؤم بين الدين الإسلامي والفكر العلمي . فردّ عليه جمال الدين الأفغاني ( ت 1897 ) مبيّنا نفس عدم التلاؤم بين العلم والمسيحية الكاثوليكية . ثم أتمّ الجزء الرابع وأوّل الجزء الخامس من كتابه « صفوة الاعتبار » . وكان يقصد التوسّع في هذا الجزء الخامس بذكر بلاد النمسا وسويسرة وألمانيا ورومانيا والبلغار والصرب واليونان ، وهي البلاد التي زارها وشاهدها ، . كما كان ينوي تحرير خاتمة له ؛ لكنّ أجله حال دون ذلك إذ توفّي في 25 ربيع الثاني 1307 ه / 18 ديسمبر 1889 م بمدينة حلوان ، ونقل جثمانه إلى القاهرة حيث حضر جنازته رئيس الحكومة المصرية ودفن بقرافة الإمام الشافعي . وقد كان رحمه الله من محبّي الإصلاح وتقريب المسلمين إلى عوامل التمدن الحديث وإزالة ما قد يعترضهم من أشباه الموانع الدينية . كان محمد بيرم الخامس حسب تكوينه متضلّعا في الفقه الحنفي ، وقد غلبت على إنتاجه التحارير السياسية والتاريخية . وهو يعدّ من الرعيل الأوّل للصحفيين التونسيين من زعماء الإصلاح في البلاد التونسية ، وإن حالت السياسة دون مبتغاه . آثاره أ - المطبوع : 1 - صفوة الاعتبار بمستودع الأمصار والأقطار ، القاهرة 1302 ه ( 4 أجزاء ) ، 1311 ه ( ج . 5 ) ؛ 2 - رسالة رائقة المعاني سهلة المباني قد احتوت على أحكام الأشراف آل بيت رسول الله ، المطبعة الإعلامية بمصر ، 1302 ه / 1885 م ؛ 3 - تحفة الخواص في حلّ صيد بندق الرصاص ، القاهرة 1302 ه / 1885 م ؛ 4 - ملاحظات سياسية حول التنظيمات اللازمة للدولة العليّة ، قدّمها للسلطان عبد الحميد الثاني سنة 1298 ه / 1881 م ، ط . مصر ؛ 5 - مجموعة من الفتاوى والتحقيقات العدلية ، ط . مصر ؛ 6 - التحقيق في مسألة الرقيق . ذيل كتاب محمد بيرم الخامس ، بيبليوغرافية تحليلية ، إعداد المنصف بن عبد الجليل وكمال عمران ، بيت الحكمة قرطاج 1989 م . ب - المخطوط : 1 - رسالة في جواز إسدال شعر الرأس ؛