عام 1368 ه / 1948 م عين مفتشا اختصاصيا للغة العربية بوزارة المعارف ، وانتخب عضوا في مجلس شورى الأوقاف عام 1373 ه / 1953 م ، وجدد انتخابه عام 1375 ه / 1955 م . وفي عام 1378 ه / 1958 م عين مديرا عاما للأوقاف إلى عام 1383 ه / 1963 م ، وكان تخلصه من قيود الوظيفة نهائيا مصدر خير وبركة أتاح له الانصراف التام إلى البحث والتأليف والتحقيق ونظم الشعر . وحصل على العديد من الأوسمة والجوائز من العراق ولبنان وسوريا والمغرب والسعودية ، فكان نموذجا للمفكر الموسوعي الذي كان يذكرنا بأسلافنا العظام . آثاره بلغ عدد الكتب المؤلفات والمحققة للأثري 34 كتابا . أما عدد المقالات والأبحاث التي نشرت في المجلات والصحف اعتبارا من عام 1340 ه / 1921 م إلى غاية عام 1415 ه / 1994 م فكانت 168 بحثا ومقالا إضافة إلى حوارات ولقاءات عديدة أجريت معه عبر وسائل الإعلام المختلفة طرح فيها آراءه وأفكاره وتصوراته . وفي ما يلي أهمها : 1 - أدب الكتاب للصولي ، تح . أبو بكر محمد بن يحيى الصولي مصر القاهرة 1345 ه / 1922 م 2 - أعلام العراق ، كتاب تاريخي أدبي انتقادي يتضمن سيرة الإمام الآلوسي الكبير وتأبين العلماء والأدباء وتراجم نوابغ الآلوسيين عام 1345 ه / 1929 م ، 246 صفحة 3 - مهذب تاريخ مساجد بغداد وآثارها ، ط . بغداد 1346 ه / 1927 م 4 - تاريخ نجد لمحمد شكري الألوسي ، تح . محمد بهجة الأثري ، المطبعة السلفية مصر 1347 ه / 1928 م 5 - بلوغ الأرب في معرفة أحوال العرب ، لمحمود شكري الآلوسي ، تح . محمد بهجة الأثري ، مطابع دار الكتاب العربي بمصر 1347 ه / 1928 م 6 - المجمل في تاريخ الأدب العربي ، طبع الجزء الأول في مطبعة العراق ، بغداد ، 1347 ه / 1929 م . تضمن الكتاب مقدمة جرى الكلام فيها عن الأدب واللغة ، وشمل العصر الجاهلي والعصر الإسلامي كما تناول علوم العرب بشكل عام 7 - المدخل في تاريخ الأدب العربي ، مطبعة الأهالي ، بغداد 1351 ه / 1932 م . ألفه للصفوف الثالثة من المدارس المتوسطية بطلب من وزارة المعارف ، وطبع ببغداد سبع طبعات ، ثم ألغى الأنكليز تدريسه بعد أن سيطروا على مرافق الدولة عقب إخفاق ثورة مايس 1360 ه / 1941 م 8 - مأساة الشاعر وضاح ، مطبعة بغداد ، 1354 ه / 1935 م وهو مثال من الإنشاء الراقي البليغ ونموذج للنقد العلمي النزيه في العصر الحديث مما جرى بين الأثري وأحمد حسن الزيات على إثر نشر جريدة البلاد أقصوصة بعنوان ( مأساة الشاعر وضاح ) للزيات رأى فيها الأثري مآخذ ينفيها التاريخ وينكرها العقل 9 - ديوان الأدب ، للصفوف الخامسة الإعدادية السنة الدراسية 1948 ه / 1949 م . اختاره وشرحه الأثري بالاشتراك مع كمال إبراهيم وعبد الكريم الدجيلي ، مطبعة النجاح ، بغداد 10 - الاتجاهات الحديثة في الإسلام . ط . بيروت في كتاب ( العرب والحضارة ) عام 1371 ه / 1951 م ، ص 85 - 132 . وأعادت المطبعة السلفية بالقاهرة منه طبعة مستقلة مع مقدمة تقديرية كتبها الكاتب