لذا برادرانش مصطفى ميرزا و سليمان ميرزا را در هفتم شعبان 984 ه . ق « 1 » و محمود ميرزا ، احمد ميرزا و محمد حسين ميرزا را در ششم ذىحجه كشت . « 2 » نيز سلطان ابراهيم ميرزا فرزند بهرام ميرزا را كه از دانشمندترين شاهزادگان صفوى بود و پيش از اين شاه اسماعيل دوم از ترس برادر او سلطان حسين ميرزا كه در قندهار اعلام استقلال كرده بود ، وى را به مقام مهردارى خود گماشته بود ، به قتل رساند . « 3 » همچنين دستور داد عليقلى خان شاملو روانه هرات شود و عباس ميرزا ( شاه‌عباس بعدى ) را بكشد . پس از اينكه فرزندى نصيب شاه اسماعيل شد او را شاه شجاع الدّين محمد ناميد و به همراهى اميرى از امراى خود روانه شيراز نمود . « 4 » در عرصه امور مذهبى او به گرايش به مذهب اهل سنت متهم شد و دانسته يا ندانسته يكى از اركان مهم حكومت صفويه را به خطر افكند . به علماى اهل سنت مثل خواجه افضل تركه و ميرزا مخدوم شريفى نزديك شد ، ميرزا مخدوم را به بالاترين مناصب روحانى گماشت و اندكى بعد آشكارا از مذهب تسنن حمايت كرد و از مردم خواست دست از بدگويى صحابه و عايشه بردارند . خود با علماى شيعه جدل مىكرد و حتى كار را به ناسزاگويى و درشتى با آنان رساند . بعضى از مجتهدان عصر همچون مير سيد حسين و مير سيد على را از دربار راند . پول‌هايى بين طرفداران اهل سنت پراكند و شيعيان مورد آزار واقع شدند و دستور داد نام دوازده امام از ديوار مساجد حذف شود . اين اعمال باعث بدگويى مردم و دشمنى آنان با وى شد . « 5 »

--> ( 1 ) - حسن بيگ روملو : پيشين / 629 ؛ اسكندر بيگ منشى : پيشين 1 / 317 - 323 ( 2 ) - حسن بيگ روملو : پيشين / 632 ؛ اسكندر بيگ منشى : همان‌جا ( 3 ) - محمود افوشته‌اى نطنزى : پيشين / 34 ، 55 ( 4 ) - اسكندر بيگ منشى : پيشين 1 / 328 ( 5 ) - همان 1 / 330 - 331 ؛ والتر هينتس :