ويژگىهاى خاصى كه نسبت به ساير شاهزادگان داشت به حكومت مشهد منصوب شد . قاضى احمد در اين‌باره مىنويسد : پس از اينكه شاه‌طهماسب در 962 ه . ق با عثمانىها صلح كرد و به فتوحاتى در گرجستان نايل آمد و اندكى از مرزها آسوده‌خاطر شد ، پايتخت را از تبريز به قزوين انتقال داد . « 1 » و تصميم گرفت امور عتبات عاليات مخصوصا مشهد مقدس را انتظام دهد و به جهت اينكه اخبارى مبتنى بر عدم اجراى دستورات وى رسيده بود ، حسن سلطان روملو ، حاكم مشهد ، را عزل كرد و به فكر افتاد كه براى اين پست كسى را نامزد كند كه « عارف به معارف آن حضرت و عالم به قدر و منزلت اين سعادت باشد » و چون شاهزاده ابراهيم ميرزا بيشتر از بقيه شاهزادگان در نيك خلقى كوشيده بود و در عدالت‌گسترى و رعيت‌پرورى سرآمد ديگران بود به حكومت مشهد سرافراز شد تا به شكرانه اين انتصاب به عبادت و پاسدارى از ولايت خراسان بپردازد و « به انتظام مصالح و مهام سركار آن آستان معلى اشتغال نموده به جزوى و كلى امور مملكتى و مالى باز رسيده در احقاق حقوق مسلمانان و دفع ظلم از عجزه و زيردستان عمل نمايد . و در اجراى احكام و اوامر شرعى و دفع و رفع مكاره و مناهى كه به عهده سيادت پناه شيخ الاسلامى امير اسد اللّه ( شوشترى ) و متولى آن آستان است همكارى نمايد . » « 2 » و بر كار ساير حكام خراسان از سرحد سمنان تا هرات و سجستان اشراف داشته باشد . « 3 » شاه‌طهماسب همچنين بزرگترين دختر خود را به عقد او درآورد زيرا او در كسب فضيلت و عبادت از ساير شاهزاده‌ها ممتاز بود . « 4 » شاه‌طهماسب ، احمد سلطان افشار را مربى ابراهيم ميرزا قرار داد و مير منشى قمى ، پدر قاضى احمد مؤلف خلاصة التواريخ ، هم به وزارت او برگزيده شد . « 5 »

--> ( 1 ) - همان / 378 - 379 ( 2 ) - همان / 381 ( 3 ) - همان / 382 ( 4 ) - همان / 415 ؛ محمد يوسف واله اصفهانى : خلد برين 1 / 403 ( 5 ) - محمود افوشته‌اى نطنزى : نقاوة الآثار 471 ؛ قاضى احمد قمى : خلاصة التواريخ