براى خود درخواست نمود . لكن چون ميرزا آقاسى با او ميانه خوبى نداشت و از سوءنيت او و پسرش حسن خان سالار نسبت به امور حكومت آگاه بود ، درخواست وى مورد قبول واقع نشد 3 . و بر خلاف نظر او ، آقاسى منصب توليت آستان قدس رضوى را به مانند چندين منصب ديگر به اسم خودش از طرف دولت فرمان صادر كرد و حاج ميرزا عبد اللّه خويى را به اسم نيابت خود به مشهد روانه كرد 4 . خويى در آغاز شورش حسن خان سالار عليه دولت به مشهد رسيد . وى از 1262 تا 1264 ه ق در سمت توليت آستان قدس باقى و در طول اين مدت شورشيان را تحمل مىكرد 5 . ولى با حسن خلق و به زبان وعظ و نصيحت سعى كرد مردم شهر را از پيوستن و همراهى با سالار بازدارد 6 و در طول اين مدت با تمام طبقات مردم شهر از قبيل علما و فضلاء و اعيان رفتار عاقلانه‌اى در پيش گرفت 7 . اوضاع متشنج سياسى مشهد خويى را مجبور ساخت تا در امور سياسى وارد شود . از آنجايى كه او نمايندهء دولت در آستان قدس بود و با شورشيان همراهى نداشت لذا به وسيلهء آنان در شب 25 رمضان سال 1264 ه ق هنگامى كه حمزه ميرزا حشمت الدوله حاكم مشهد در تعقيب سالار از خراسان بيرون رفته بود ، در بستر خواب دستگير و اموال و اثاثيهء خانه‌اش غارت شد . و در مسجد گوهرشاد توسط رجب مروى ، سردستهء اشرار به قتل رسيد 8 . جنازه‌اش در صفه جنوب شرقى دار الحفاط دفن گرديد 9 . نويسندگان عوامل مختلفى را در قتل خويى دخيل دانسته‌اند . جهانگير ميرزا قتل او را به خدام و مقامات آستان قدس و ريش‌سفيدان مشهد نسبت مىدهد و علت آن را بدرفتارى وى با خدام و چوب‌كارى يكى از « معتبران خدام » عنوان مىكند . 10 رياضى هروى حمايت وى از سربازان ترك را عامل قتلش مىداند . سربازان ترك در اين زمان جهت مقابله با سالار در مشهد به