پس از آن به كربلا سفر كرد ، در حوزهء ميرزا محمّد تقى شيرازى رهبر نهضت علماى عراق عليه اشغالگران انگليسى ، شركت كرد و مورد توجه و وثوق ايشان قرار گرفت . رسيدگى به امور طلاب علوم دينى از سوى ميرزا به وى واگذار شد . آية اللّه اردبيلى در سال 1348 ه ق براثر چشم‌درد به اردبيل بازگشت و پنج سال بعد ، يعنى سال 1353 ه ق ، به مشهد آمد و به تدريس و اداره امور دينى شهر پرداخت . در جريان كشف حجاب بيت آية اللّه سيد يونس اردبيلى ، خانهء پايدارى گرديد و ارسال تلگراف 21 نفرى علماى برجسته مشهد خطاب به رضا خان و اعزام حاج آقا حسين قمى به تهران در خانه ايشان برنامه‌ريزى شد . پس از كشتار فجيع گوهرشاد ، آخرين جلسه علماى مبارز خراسان در روز يكشنبه 12 ربيع الثانى 1354 / 23 خرداد 1314 نيز در بيت ايشان واقع شد . موضع‌گيرى آية اللّه اردبيلى در جريان گوهرشاد موجب شد ايشان با تنى چند از علما بازداشت شده و به تهران اعزام گردد . آية اللّه اردبيلى مدتى در بازداشتگاه بود سپس به اردبيل برگردانده شد و پس از شهريور 1320 و سقوط رضا خان ايشان به مشهد بازگشت و در برابر توده‌اىها ايستاد و فعاليتهاى باقروف وابسته سياسى روسها در آذربايجان را ناكام گذاشت . در طول نهضت ملى بيت آية اللّه اردبيلى بار ديگر به مركز تصميم‌گيرى چهره‌هاى مذهبى و سياسى مشهد تبديل شد . آية اللّه كاشانى در سفر سال 1329 به مشهد ، به منزل ايشان وارد گرديد . آية اللّه سيّد يونس اردبيلى يك سال پيش از فوت ، يعنى سال 1376 ه ق به نجف اشرف سفر كرد و مورد استقبال جامعهء روحانيت و توده‌هاى مردم قرار گرفت و به تقاضاى بزرگان حوزه خارج فقه برخى از بحثهاى ضرورى را مطرح كرد و با حالت مريضى به تهران عزيمت كرد . در جماران زير نظر هيئت