به عنوان مشاور سياسى پدر فعاليت مىكرد و براى استقرار مشروطيت سخت كوشيد . تا جايى كه برخى از مطبوعات آن زمان از جمله روزنامه حبل المتين ، زحمتهاى ايشان را ستودند . در سال 1327 ه ق در جريان اولتيماتوم روس ، ميرزا مهدى همراه پدر خود به قصد مبارزه با روسها آمادهء حركت از نجف شد و با درگذشت ناگهانى آخوند ، با لباس عزا ، همراه علما و مردم مؤمن به منظور جهاد عليه روس از نجف حركت كرد . در شهر كاظمين از طرف علمايى چون حاج شيخ عبد اللّه مازندرانى ، شيخ الشريعهء اصفهانى ، حاج شيخ محمّد حسين حائرى ، آقا ميرزا محمد تقى شيرازى ، به رياست هيئتى انتخاب گرديد كه مأموريت داشت براى بيرون راندن روسها با دولت ايران همكارى كند . ميرزا حسين نائينى ، شيخ عبد الحسين رشتى ، شيخ جواد جواهرى ، سيد ابو الحسن اصفهانى و سيد مصطفى كاشانى ، از اعضاى ديگر آن بودند ، آنها در كنار تماس با دولت ايران ، از شيخ خزعل خواستند تا در مبارزهء فراگير آنها شركت كند و مانع نفوذ انگليس در خوزستان شود . در مدتى كه ميرزا مهدى و علماى ديگر در كاظمين بسر مىبردند ، بين ايشان و وثوق الدوله تماس برقرار بود و با آخرين تلگراف وثوق الدوله كه از بازگشت قشون روس و اصلاح امور ، خبر مىداد ، علما به نجف مراجعت كردند . ميرزا مهدى در سال 1342 ه ق در جريان اعلان جنگ علماى عراق با انگليس ، همراه علماى تبعيدى به ايران آمد و پس از مدتى به بغداد بازگشت و طى ديدار با ملك فيصل اول ، پادشاه عراق ، امكان مراجعت علما را فراهم ساخت . آخرين سفر ميرزا مهدى به ايران در سال 1324 ه ش / 1364 ه ق اتفاق افتاد . او وقتى به تهران رسيد بيمار شد و ارديبهشت همان سال چشم از جهان فروبست و جسد او را به مشهد حمل كردند و در دار السعاده كنار قبر