در اين مرحله از زندگى خواجه مطلبى كه براى مورخان قابل توجه باشد وجود ندارد ، چه در اين مدت به كسب علوم معقول و منقول از محضر استادانى كه از اعلام زمان بودند ، پرداخته بود . ازاين‌رو مورخان اطلاعات مختصرى را به اجمال نقل كرده‌اند . همچنين نمىدانيم آيا شيخ طوسى در اين مرحله از زندگى خود كتابى تأليف كرده است يا نه ؟ ولى گمان مىرود كه طوسى برخى از كتابهاى خود را در اين مرحله نوشته باشد . مرحلهء دوم : با آغاز حملات مغول به كشورهاى اسلامى شروع مىشود ، آنگاه كه شهرها يكى پس از ديگرى در مقابل مغول سقوط مىكرد و مثل باد خزان كه برگها را پشت هم مىريزد شهرهاى اسلامى يك‌يك در زير سم اسبان مغول نابود و لگدمال مىشد . خواجه ناچار به اسماعيليان پناه برد ، تا از شر تندباد مزبور خود را نجات دهد ؛ زيرا در مقابل مغول جز اسماعيليان و قلعه‌هاى مستحكم آنان كسى ديگر نمىتوانست مقاومت كند . اين مرحله از زندگى او با پيروزى مغول بر قلعه‌هاى اسماعيليه به پايان رسيد . چنان مقدر شده بود كه حملهء مغول به فرماندهى چنگيز خان در وقتى كه طوسى در نيشابور ، شهر علم و فلسفه ، مىزيست به آن شهر صورت گيرد ، همچنين تقدير چنين بود كه طوسى از آن آتش سوزان و آن‌همه نابوديها كه خراسان بدان دچار شده بود نجات يابد . ولى خراسان با هجوم مغول گرفتار انواع بدبختيها شد و سلطان محمد خوارزمشاه فرار كرد و تمام موجبات و اسباب مقاومت و دفاعى كه در اختيار داشت نابود شد . فقط قلعه‌هاى اسماعيليان بود كه با مغول مىجنگيد ، و جلو يورش آنها را مىگرفت . اسماعيليه آن‌چنان مقاومت مىكردند كه مغول از دست يافتن به قلعه‌هاى آنان عاجز ماندند . به‌علاوه فداييان اسماعيلى چنان شجاعت و شهامت از خود نشان مىدادند كه زبانزد مردم بود و بالاخره قلاع اسماعيلى نيز